用于核酸分析的方法和组合物.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115369161A(43)申请公布日2022.11.22(21)申请号202211197364.4(51)Int.Cl.(22)申请日2016.12.02C12Q1/6869(2018.01)C12Q1/6886(2018.01)(30)优先权数据62/2635322015.12.04US(62)分案原申请数据201680070638.X2016.12.02(71)申请人10X基因组学有限公司地址美国加利福尼亚州(72)发明人郑新颖S.萨克索诺夫M.施纳尔-莱文K.内斯R.巴拉瓦伊(74)专利代理机构中国专利代理(香港)有限公司72001专利代理师初明明权利要求书1页说明书31页附图7页(54)发明名称用于核酸分析的方法和组合物(57)摘要本发明涉及用于分析序列信息同时保留所述序列信息的结构背景和分子背景的方法、组合物和系统。CN115369161ACN115369161A权利要求书1/1页1.一种分析从福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的组织样品获得的核酸同时保留空间背景的方法，所述方法包括：(a)将从FFPE组织样品获得的核酸分配到多个孔中，其中在所述FFPE组织样品中彼此空间接近的核酸被引入到同一孔中；(b)将分配的核酸条形码化以形成多个条形码化的核酸，其中在给定的离散孔内的条形码化的核酸各自包含共同的分配特异性的条形码序列，使得条形码序列鉴定来自给定孔的核酸；(c)从所述多个条形码化的核酸获得序列信息，其中来自多个条形码化的核酸的序列信息包含分配特异性的条形码序列的序列信息；以及(d)将所述多个条形码化的核酸归属到空间接近的区域，其中在FFPE组织样品中源自空间接近的区域的条形码化的核酸包含相同的分配特异性的条形码序列。2.如权利要求1所述的方法，其中所述条形码化包括用包含条形码序列的引物扩增。3.如权利要求1所述的方法，其中在分配(a)步骤中分配到同一孔中的至少两个核酸包含不同的序列。4.如权利要求1所述的方法，进一步包括在(a)之前，使所述FFPE组织样品成像的在先步骤。5.如权利要求1所述的方法，其中所述FFPE组织样品是癌症组织样品。6.如权利要求1所述的方法，其中在获得序列信息之前，将不同孔中的条形码化的核酸合并。7.如权利要求1所述的方法，其中所述序列信息进一步包括涉及从所述FFPE组织样品获得的核酸的信息。8.如权利要求1所述的方法，进一步包括在(a)之前，从所述FFPE组织样品释放核酸的在先步骤。9.如权利要求1所述的方法，其中从所述FFPE组织样品获得核酸包含事先应用到样品的核酸标签。10.如权利要求1所述的方法，其中获得序列信息的步骤包括所述多个条形码化的核酸的高通量测序。2CN115369161A说明书1/31页用于核酸分析的方法和组合物[0001]相关申请的交叉引用[0002]本申请要求2015年12月4日提交的美国临时申请No.62/263,532的权益，该申请出于所有目的通过引用整体并入本文。[0003]发明背景[0004]多核苷酸测序越来越多地用于诸如肿瘤的遗传筛选和基因分型的医学应用中。许多多核苷酸测序方法依赖于原始样品的样品加工技术，包括多核苷酸的随机片段化。这些加工技术可以提供通量和效率方面的优势，但自这些加工过的样品获得的所得序列信息可能缺乏关于特定序列在含有那些序列的原始核酸分子的更宽线性(二维)序列内的位置的重要背景信息。原始样品的三维空间内的结构背景也因许多样品加工和测序技术而丢失。因此需要保留所鉴定的核酸序列的结构背景和分子背景的测序技术。[0005]发明概述[0006]因此，本发明提供用于提供保留原始核酸分子的分子背景和结构背景的序列信息的方法、系统和组合物。[0007]在一些方面，本公开内容提供分析核酸同时维持结构背景的方法。所述方法包括以下步骤：(a)提供含有核酸的样品，其中所述核酸包含三维结构；(b)将所述样品的部分分离到离散分区，使得所述核酸三维结构的部分也被分离到离散分区；(c)自所述核酸获得序列信息，由此分析核酸，同时维持结构背景。[0008]在一些实施方案中，来自获得步骤(c)的序列信息包括鉴定彼此空间接近的核酸。[0009]在进一步的实施方案中，来自获得步骤(c)的序列信息包括鉴定彼此空间接近的核酸。[0010]在进一步的实施方案中，获得步骤(c)提供关于基因组基因座之间的染色体内和/或染色体间相互作用的信息。[0011]在又进一步的实施方案中，获得步骤(c)提供关于染色体构象的信息。[0012]在进一步的实施方案中，在分离步骤(b)之前，加工至少一些三维结构以连接在三维结构内彼此接近的核酸的不同部分。[0013]在任何实施方案中，核酸在分离步骤(b)之前未从样品中分离。[0014]在任何实施