用于核酸测序用于追踪核酸片段起源的方法和组合物.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN114667353A(43)申请公布日2022.06.24(21)申请号202080059210.1(74)专利代理机构上海专利商标事务所有限公(22)申请日2020.08.19司31100专利代理师陈扬扬钱文宇(30)优先权数据62/888,7142019.08.19US(51)Int.Cl.C12Q1/6869(2006.01)(85)PCT国际申请进入国家阶段日C12Q1/6874(2006.01)2022.02.21C12Q1/6876(2006.01)(86)PCT国际申请的申请数据PCT/US2020/0470672020.08.19(87)PCT国际申请的公布数据WO2021/034974EN2021.02.25(71)申请人通用测序技术公司地址美国马萨诸塞州(72)发明人陈宙涛吴采芹L·K·潘汪涌雷明权利要求书2页说明书16页附图14页(54)发明名称用于核酸测序用于追踪核酸片段起源的方法和组合物(57)摘要本公开提供了用于当原始核酸靶标破裂成小片段时通过加靶特异性引物条形码标签追踪核酸片段起源的方法和组合物。核酸靶标在体外被捕获在具有克隆定位的核酸条形码模板的固体支持物上。可以以大规模平行方法同时加工许多核酸靶标而无需分区。例如，这些核酸靶标追踪方法可以在全基因组测序和靶向测序二者中有多种应用，以准确地鉴定基因组变体、单倍型定相和组装。CN114667353ACN114667353A权利要求书1/2页1.一种用于通过条码化来追踪核酸片段起源的方法，其包括：a.提供反应混合物，其包含多个双链核酸片段和多个珠，其中每个珠包含来自至少两种不同的条形码模板群的至少两种不同的固定化条形码模板，其中每个条形码模板群包含相同条形码模板的多个拷贝，其中每个条形码模板包含条形码序列，其中所述条形码序列被配置为所述条形码模板的标识符，b.从所述核酸片段产生至少两种附接条形码的亚片段，其中所述来自同一核酸片段的至少两种附接条形码的亚片段各自附接至所述具有来自同一珠的相同序列的条形码序列；和c.通过它们的所述条形码序列追踪/鉴定所述附接条形码的亚片段的起源，其中具有相同序列的附接条形码的亚片段追踪至所述同一核酸片段。2.如权利要求1所述的方法，其中所述反应混合物未被隔室化成等分或液滴。3.如权利要求1所述的方法，其中在所述反应混合物中的所述珠包含总计至少约1000个不同的条形码序列。4.如权利要求1所述的方法，其中在每个珠上至少一个所述条形码模板群也存在于至少另一个珠上以在所述多个珠之间作为共同共有条形码模板群。5.如权利要求4所述的方法，其中所述共同共有条形码模板的数量少于在所述珠上总条形码模板的约50％。6.如权利要求4所述的方法，其中所述共同共有条形码模板的数量少于在所述珠上总条形码模板的约10％。7.如权利要求1所述的方法，其中所述双链核酸包含双链DNA，或DNA/RNA杂交体，或其组合。8.如权利要求7所述的方法，其中所述双链核酸为大于约1000bp。9.如权利要求1所述的方法，其中所述双链核酸片段包含核酸分子，其包括天然的、修饰的、扩增的或其他化学处理形式的DNA或RNA或其组合。10.如权利要求1所述的方法，其中所述双链核酸片段在权利要求1所述的任何反应之前首先非特异性结合至所述珠。11.如权利要求1所述的方法，其中所述双链核酸片段用转座体链转移，并在与所述珠相互作用之前形成链转移复合物。12.如权利要求1所述的方法，其中所述产生附接条形码的亚片段包括步骤：连接、杂交、链转移反应、标签化、扩增、引物延伸或其组合。13.如权利要求11或12所述的方法，其中所述链转移反应或所述标签化反应包括利用转座酶，其中所述转座酶选自下组：野生型、突变的或其加标签版本的Tn、Mu、Ty和Tc转座酶及其组合。14.如权利要求1所述的方法，其中所述追踪/鉴定所述附接条形码的亚片段的起源包括测序以确定所述核酸片段的单倍型定相信息和/或结构变异。15.如权利要求1所述的方法，其中所述追踪/鉴定所述附接条形码的亚片段的起源包括测序以确定重复核酸片段或拷贝数变异信息的身份。2CN114667353A权利要求书2/2页16.一种用于通过条码化来追踪核酸片段起源的系统，其包括：反应混合物，其包含多个双链核酸片段和多个珠，其中每个珠包含来自至少两种不同的条形码模板群的至少两种不同的固定化条形码模板，其中每个条形码模板群包含相同条形码模板的多个拷贝，其中每个条形码模板包含条形码序列，其中所述条形码序列被配置为所述条形码模板的标识符，其中，至少两种附接条形码的亚片段是从所述核酸片段产生的，其中所述来自同一核酸片段的至少两种附接条形码的亚片段各自附接至所述具有来自同一珠的相同序列的条形码序列；其中