冬虫夏草菌子实体发育起始阶段cDNA文库的构建及ESTs分析的任务书.docx

冬虫夏草菌子实体发育起始阶段cDNA文库的构建及ESTs分析的任务书
任务书
背景和意义：
冬虫夏草是一种名贵的中药材，具有非常高的药用价值，被广泛应用于中医和现代医学中。而其生长过程中，与之共生的真菌也是有价值的研究对象。具体而言，这些真菌含有丰富的次级代谢产物，可以用于药物研发。因此，研究冬虫夏草与真菌之间的相互作用和共生机制，对于促进冬虫夏草的生长和提高次级代谢产物的含量具有非常重要的意义。
本项研究旨在构建冬虫夏草菌子实体发育起始阶段的cDNA文库，并利用ESTs对该阶段的基因表达进行分析，以期揭示冬虫夏草和其共生真菌之间的相互作用和共生机制，为冬虫夏草的生长和次级代谢产物的研究提供有力的支持。
研究内容：
1.构建冬虫夏草菌子实体发育起始阶段的cDNA文库，包括以下几个步骤：
（1）提取该阶段的总RNA，利用Oligo（dT）磁珠进行纯化和富集；
（2）通过聚合酶链式反应（PCR）扩增cDNA；
（3）构建pGEM-TEasy载体，将cDNA克隆至载体中；
（4）通过转化技术，将克隆体转入大肠杆菌（Escherichiacoli）JM109菌株中；
（5）对其进行筛选和鉴定，得到有意义的克隆体。
2.对所得到的cDNA克隆体进行ESTs分析，包括以下几个步骤：
（1）对每个克隆体进行测序，得到ESTs序列；
（2）对序列进行数据预处理，包括去除低质量的序列、过滤低质量的碱基和去除接头等；
（3）通过比对ESTs序列和已知基因库中的序列进行分析，以确定其序列的可靠性和来源；
（4）对ESTs序列进行聚类和分组，以便进行进一步的研究和分析。
3.对ESTs序列进行功能注释和生物信息学分析，包括以下几个内容：
（1）对ESTs序列进行基因注释，确定其编码的蛋白质功能；
（2）对ESTs序列进行序列比对和聚类分析，以发现其相似性和差异性；
（3）利用生物信息学方法分析ESTs序列的表达和调控模式，以期揭示基因表达的调控机制和重要的途径；
（4）利用GO（GeneOntology）和KEGG（KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes）数据库分析ESTs序列的生物学功能、代谢通路和调节机制。
计划时间表：
本次研究计划为期18个月，具体时间表如下：
第1-6个月：冬虫夏草菌子实体发育起始阶段的cDNA文库构建。
第7-12个月：对cDNA克隆体进行ESTs分析。
第13-18个月：对ESTs序列进行生物信息学分析。
人员安排：
本项研究由以下人员共同完成：实验室主任、副主任各一名，研究员、副研究员各一名，博士后2名，博士2名，硕士2名。
经费和设备：
本项研究所需经费为200万元，包括实验材料费、设备购置费、研究人员的薪酬和差旅费等。同时，需要购置以下仪器设备：
（1）制备RNA和cDNA所需的实验室设备，包括电泳仪、PCR仪、凝胶图像分析仪等。
（2）生物信息学分析所需的计算机和软件，例如BLAST、CLUSTALW、FASTA、CAP3等。
以上为本项研究的任务书，希望能在相应领域内有所启示和参考。