东北虎肾cDNA文库的构建及ESTs分析的任务书.docx

东北虎肾cDNA文库的构建及ESTs分析的任务书
任务书
一、背景
东北虎是我国珍稀的大型猫科动物，也是世界上最珍稀的大型猫科动物之一，由于长期的猎捕、栖息地破坏和人类活动的影响，东北虎种群数量不断减少，目前仅剩下约30只。东北虎的生存面临严峻的挑战，因此，开展保护东北虎的研究具有重要意义。肾脏是生物体重要的器官之一，对维持机体内环境稳定和代谢作用有着重要的作用。
二、任务
本次任务旨在构建东北虎肾cDNA文库并进行ESTs分析，深入研究东北虎肾脏基因的表达谱，为探究东北虎肾脏的生物学功能提供基础数据。具体任务如下：
1.选择合适的组织样本并提取RNA，建立东北虎肾cDNA文库。
2.对所得ESTs进行预处理，包括序列校验、剪切和去冗余等。
3.进行ESTs注释和分析，包括基因功能注释、差异基因和表达量的分析等。
4.对筛选出的差异基因进行进一步研究，比较其序列和功能与其他物种差异，检测其在生理代谢和免疫应答等方面的作用。
5.结合已有文献和数据库，分析东北虎肾脏基因与其他物种和人类基因的同源性和演化关系。
三、完成成果
本任务的完成要求申请人可以完成以下成果：
1.成功建立东北虎肾cDNA文库，序列数不少于50,000个。
2.对所得ESTs序列进行预处理并注释，得到不少于20,000个有效注释结果。
3.筛选出不少于500个差异表达基因，并对其进行功能注释和基因本体分析。
4.发表不少于2篇与任务相关的研究论文，并根据需要参加学术报告或者交流活动。
四、研究方案
1.采集东北虎的肾脏组织样本，提取RNA并建立文库。
2.进行转录本的插入、克隆和测序，得到ESTs序列。
3.对所得ESTs序列进行序列质量控制和预处理，包括去冗余、剪切和基因预测，以获取高质量的ESTs序列。
4.将预处理后的序列进行基因功能注释和差异基因分析，进行GO、KEGG和基因本体分析等。
5.筛选出差异表达的基因序列，比较分析其序列和功能，寻找其可能的生理代谢和免疫应答等作用。
6.结合外源数据库和已有文献资料，比较分析东北虎肾脏基因与其他物种和人类基因的同源性和演化关系。
五、任务时间
本任务计划时间为18个月，具体计划如下：
第1-3个月：东北虎肾脏组织样本采集和RNA提取、cDNA文库的建立和测序。
第4-6个月：ESTs序列的预处理和基本质量控制。
第7-9个月：ESTs序列的基因功能注释和差异基因分析。
第10-12个月：差异基因筛选、GO、KEGG和基因本体分析等。
第13-18个月：差异基因功能分析、同源性比较和演化关系分析等。
六、经费预算
本任务总经费预算为80万元，其中包括样品采集和实验测试费、劳务费、设备和耗材费、会议交流费、出版费等。