Riboswitch cDNA文库合成及分析的任务书.docx

RiboswitchcDNA文库合成及分析的任务书
任务书：RiboswitchcDNA文库合成及分析
一、背景简介：
核酸转录后的翻译不再是线性的单向过程，而是一种高度调控的生物反应过程。随着对非编码RNA（ncRNA）及其在生物调控中作用机理的逐步深入研究，ncRNA已成为当前生物学领域研究的一个热点。其中，riboswitchs是近年来新兴的几个途径之一。riboswitchs是一种天然的信号感受器，在物种中广泛存在，能通过结构域调节基因的表达和代谢物的降解等过程。
对riboswitchs的深入研究需要从全基因组的水平进行，从而能够获得一个比较完整的结构和功能的描绘。cDNA文库是一种常用的较为全面的基因组测序方法，其通过建立转录本文库，使得大量的cDNA片段被合成、扩增和测序，从而得到一系列全长的基因序列信息。本项目的主要任务是，通过建立反悔文库技术来获得在生物调控中发挥作用的riboswitchs的全长序列信息。
二、任务目标：
本项目的主要任务是建立符合生物调节中作用的riboswitchs的cDNA文库，并对其进行深入的分析和探究，从而推进riboswitchs的研究进程。
具体任务目标如下：
1.梳理相关文献及数据资源，确定建库策略，并设计适当的实验流程。
2.从目标生物的基因组DNA中提取基因组，并反转录为cDNA。
3.构建riboswitchscDNA文库，并通过扩增等方法进行稳定性评估。
4.通过夹板PCR和DNA测序，得到文库中的全部序列信息。
5.对文库序列信息进行质量控制、序列比对和注释，得到每一条序列的具体信息。
6.通过Riboswitchs的关键区域分析，实现riboswitchs的定量和分型。
三、研究内容：
1.文献及数据资源搜集：通过网络检索和实验室内部数据等途径，收集目标物种的相关文献及数据资源，对目标riboswitchs的信号结构域、特征区域等进行了解和分析。
2.建立文库：将目标生物RNA提取后进行反转述，然后进行RNA的质控和扩增等处理，最后得到反转述的cDNA序列。
3.文库的稳定性评估：通过序列分析数据对文库进行质量控制，同时使用扩增法、PCR方法等进行稳定性分析。
4.文库的夹板PCR和DNA测序：使用文库cDNA进行夹板PCR反应，然后进行DNA库扩增及文库测序数据的获取。
5.质控和序列比对：对文库测序数据进行生物信息学分析或测序质量控制，提取清洁序列，获取高质量的数据后，采用不同的序列分析方法，包括BLAT、BLAST、BOWTIE等，确定基因的确切位置。
6.文库的分型和定量：根据文库夹板PCR和DNA测序等结果，对其进行分型和定量，得到riboswitchs的具体分类和定量信息。
四、实验方案：
1.搜集相关文献和数据资源：通过网络检索和实验室内部数据等途径，收集目标物种的相关文献及数据资源，对目标riboswitchs的信号结构域、特征区域等进行了解和分析。
2.建立文库：将目标生物RNA提取后进行反转译，然后进行RNA的质控和扩增等处理，最后得到反转译的cDNA序列。
3.文库的稳定性评估：通过序列分析数据对文库进行质量控制，同时使用扩增法、PCR方法等进行稳定性分析。
4.文库的夹板PCR和DNA测序：使用文库cDNA进行夹板PCR反应，然后进行DNA库扩增及文库测序数据的获取。
5.质控和序列比对：对文库测序数据进行生物信息学分析或测序质量控制，提取清洁序列，获取高质量的数据后，采用不同的序列分析方法，包括BLAT、BLAST、BOWTIE等，确定基因的确切位置。
6.文库的分型和定量：根据文库夹板PCR和DNA测序等结果，对其进行分型和定量，得到riboswitchs的具体分类和定量信息。
五、实验步骤：
1.准备PCR反应体系：根据riboswitchscDNA文库筛选分析的要求，按照适当的浓度调配出反应体系。
2.文库的质量控制：采用扩增法、PCR方法等对文库进行稳定性评估，并通过序列分析对文库进行质量控制。
3.夹板PCR反应：选择适当的primer对文库cDNA进行夹板PCR反应，得到夹板PCR产物。
4.DNA库扩增：针对夹板PCR产物进行DNA库扩增，并将其纯化。
5.文库测序数据获取：对DNA库扩增产物进行测序，并获得文库测序数据。
6.文库序列分析：将获得的文库测序数据进行质控，并进行序列比对、注释，得到每一条序列的具体信息。
7.文库分型和定量：根据文库夹板PCR和DNA测序等结果，对其进行分型和定量，得到riboswitchs的具体分类和定量信息。
六、实验预期结果：
1.建立符合生物调节中作用的riboswitchs的cDNA文库。
2.获得riboswitchs的全长序列信息，并对其进行深入分析和探究。
3.实现ribosw