一种用于提取或检测样本中小分子RNA的核酸组合物及其试剂盒和方法.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN114250224A(43)申请公布日2022.03.29(21)申请号202111547207.7(22)申请日2021.12.16(71)申请人福建和瑞基因科技有限公司地址350000福建省福州市长乐市数字福建产业园东湖路33号7号研发楼申请人北京和瑞精湛医学检验实验室有限公司(72)发明人王源舒林明芳王岩杨浩王寅吴琳(74)专利代理机构北京超凡宏宇专利代理事务所(特殊普通合伙)11463代理人宋家会(51)Int.Cl.C12N15/10(2006.01)权利要求书2页说明书16页序列表3页附图7页(54)发明名称一种用于提取或检测样本中小分子RNA的核酸组合物及其试剂盒和方法(57)摘要本发明公开了一种用于提取或检测样本中小分子RNA的核酸组合物及其试剂盒和方法，涉及核酸检测技术领域，该核酸组合物包括固相载体、捕获探针和封闭探针，所述固相载体上固定有单链寡核苷酸；所述捕获探针包括有与所述单链寡核苷酸反向互补的序列以及与靶基因反向互补的序列；所述封闭探针能够与所述捕获探针或其部分反向互补。该核酸组合物在无需提取总RNA的情况下，能够对样本中微量的目标小分子RNA进行捕获分离并进行测序文库构建，其产物可直接应用于高通量测序检测，具有快速、灵敏、高效的优点，可高通量地实现多种小分子RNA的精准检测。CN114250224ACN114250224A权利要求书1/2页1.一种用于提取或检测样本中小分子RNA的核酸组合物，其特征在于，其包括：固相载体、捕获探针与封闭探针；所述固相载体上固定有单链寡核苷酸；所述捕获探针为单链核酸序列，包括有相互连接的第一序列和第二序列；所述第一序列包括有与所述单链寡核苷酸反向互补的序列，所述第二序列能与靶基因或靶基因的部分序列反向互补；所述封闭探针为单链核酸序列，包括相互连接的第三序列和第四序列；所述第三序列能与所述第一序列或第一序列的部分序列反向互补，所述第四序列能与所述第二序列或第二序列的部分序列反向互补。2.根据权利要求1所述的用于提取或检测样本中小分子RNA的核酸组合物，其特征在于，所述第一序列还包括有连接序列，与单链寡核苷酸反向互补的序列通过所述连接序列与所述第二序列相连；优选地，在所述第一序列中，与所述单链寡核苷酸反向互补的序列的长度为10～100nt；10nt≤所述第二序列的长度≤靶基因序列的长度；优选地，所述小分子DNA为长度＜50nt的RNA。3.根据权利要求2所述的用于提取或检测样本中小分子RNA的核酸组合物，其特征在于，所述固相载体选自有磁珠、硝酸纤维素滤膜、尼龙膜、乳胶颗粒和微孔板中的至少一种；优选地，当所述固相载体为磁珠时，所述磁珠为oligodT磁珠。4.根据权利要求1～3任一项所述的用于提取或检测样本中小分子RNA的核酸组合物，其特征在于，所述捕获探针和/或所述封闭探针的3’末端有封闭修饰；优选地，所述封闭修饰包括：磷酸化修饰、C3或C6Spacer修饰、双脱氧胞嘧啶核苷和氨基修饰中的至少一种。5.一种用于提取或检测样本中小分子RNA的试剂盒，其特征在于，其包括：如权利要求1～4任一项所述的用于提取或检测样本中小分子RNA的核酸组合物。6.根据权利要求5所述的用于提取或检测样本中小分子RNA的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括：RNA提取液、RNA酶抑制剂、缓冲液、稀释液、洗杂液和洗脱液中的至少一种试剂。7.一种目标核酸的提取方法，其特征在于，其包括采用如权利要求1～4任一项所述的用于提取或检测样本中小分子RNA的核酸组合物或如权利要求5或6所述的用于提取或检测样本中小分子RNA的核酸组合物对样本中的目标小分子RNA进行提取；优选地，当所述目标核酸包括小分子RNA和具有PolyA结构的RNA时，所述提取方法包括：先采用所述核酸组合物中的固相载体对具有PolyA结构的RNA进行提取，再采用所述核酸组合物对样本中的小分子RNA进行提取。8.根据权利要求7所述的小分子RNA的提取方法，其特征在于，对小分子RNA的提取步骤包括：将核酸组合物中的捕获探针与样本混合，使得捕获探针对样本中的目标小分子RNA进行捕获，形成捕获探针‑RNA复合物；在捕获探针与样本混合后的产物与固相载体混合，使得固相载体能够对所述捕获探针‑RNA复合物进行富集；将富集产物与核酸组合物中的封闭探针混合，以释放捕获探针捕获的目标小分子RNA；2CN114250224A权利要求书2/2页优选地，所述捕获探针与所述样本的混合条件为：温度为50～70℃，时间为1～30min；优选地，所述封闭探针与所述富集产物的混合条件为：温度为60～80℃，时间为0.1～10min；优选地，将所述捕获探针与样本混合前，所述提取方法还包括对捕获探针进行变