一种与黄瓜果皮亮度基因共分离的InDel分子标记及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN114410826A(43)申请公布日2022.04.29(21)申请号202210126440.6(22)申请日2022.02.10(71)申请人中国农业大学地址100193北京市海淀区圆明园西路2号(72)发明人刘兴旺任华中翟许玲董明明尹帅吴皓颖(74)专利代理机构北京路浩知识产权代理有限公司11002代理人孙怡(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12N15/11(2006.01)A01H1/04(2006.01)权利要求书1页说明书12页序列表3页附图1页(54)发明名称一种与黄瓜果皮亮度基因共分离的InDel分子标记及其应用(57)摘要本发明涉及一种与黄瓜果皮亮度基因共分离的InDel分子标记及其应用。本发明所提供的InDel分子标记为黄瓜基因组5号染色体上20,290,734‑20,295,628位置处存在的4895bp插入缺失变异。本发明提供的InDel分子标记与黄瓜果皮亮度基因DULL共分离，命名为InDel‑DULL。分子标记InDel‑DULL与黄瓜商品瓜时期的果皮亮度性状显著相关，因此可用于黄瓜果皮亮度性状的早期鉴定及辅助育种。InDel分子标记通过PCR扩增和进一步的琼脂糖凝胶电泳即可进行检测，设备及技术要求门槛低，具有非破坏性，操作简单，效率高，成本低等一系列优点，有较高推广应用价值。CN114410826ACN114410826A权利要求书1/1页1.一种与黄瓜果皮亮度基因共分离的InDel分子标记，所述Indel分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO.3所示。2.根据权利要求1所述的InDel分子标记，其特征在于，所述InDel分子标记位于黄瓜基因组5号染色体上第20,290,734‑20,295,628碱基位。3.根据权利要求1所述的InDel分子标记，其特征在于，若黄瓜基因组存在所述InDel分子标记，则黄瓜果皮亮度高；若黄瓜基因组不存在所述InDel分子标记，则黄瓜果皮亮度低。4.检测权利要求1‑3任一项所述的InDel分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对如SEQIDNO.1‑2所示。5.根据权利要求4所述的引物对，其特征在于，使用所述引物对扩增出如SEQIDNO.3所示的插入缺失变异序列。6.根据权利要求4所述的引物对，其特征在于，若扩增出5309bp的单一条带或扩增出414bp和5309bp的双条带，说明待测黄瓜材料的果皮呈现灰暗表型；当仅扩增出414bp的单一条带，说明待测黄瓜材料的果皮呈现光亮表型。7.含有权利要求4‑6任一项所述引物对的试剂盒。8.权利要求4‑6任一项所述的引物对或7所述的试剂盒在检测黄瓜果皮亮度基因DULL基因型中的应用。9.权利要求1‑3任一项所述的InDel分子标记或权利要求4‑6任一项所述的引物对或权利要求7所述的试剂盒在黄瓜分子标记辅助选择育种或种质资源鉴定中的应用。10.一种黄瓜果皮亮度性状的快速检测方法，其特征在于，包括：待测黄瓜材料的全基因组DNA提取；利用如SEQIDNO.1‑2所示的引物对进行PCR扩增；若扩增出5309bp的单一条带或扩增出414bp和5309bp的双条带时，说明待测黄瓜材料的果皮呈现灰暗表型；若扩增出414bp的单一条带时，说明待测黄瓜材料的果皮呈现光亮表型。2CN114410826A说明书1/12页一种与黄瓜果皮亮度基因共分离的InDel分子标记及其应用技术领域[0001]本发明涉及植物分子遗传育种技术领域，具体涉及一种与黄瓜果皮亮度基因共分离的InDel分子标记及其应用。背景技术[0002]黄瓜，(CucumissativusL.,2n＝2x＝14)是葫芦科甜瓜属一种重要的蔬菜作物，产量高，经济效益好，在全世界范围尤其是中国被广泛种植。果皮亮度是黄瓜果实重要的外观品质性状之一，可以直接影响其商品性。在鲜食消费市场上，相比与果皮灰暗的黄瓜果实，果皮光亮的果实因其光鲜油亮的外表深受消费者的喜爱。因此，果皮亮度已经成为影响鲜食黄瓜市场价值的重要因素。在此背景下，研究黄瓜果皮亮度的遗传及分子标记，对于选育受市场欢迎的黄瓜新品种具有重要意义。[0003]随着首个黄瓜基因组测序的完成，包括果刺，果皮颜色，果颈等在内的多个调控黄瓜果实外观品质性状的基因被陆续克隆和报道。由于果皮亮度性状的复杂性，导致对该性状的研究进展相对缓慢。自1931年该性状被首次报道后，截至目前还未见有明确的调控基因以及针对该性状的可直接应用于分子标记辅助选择育种的分子标记被报道。受限于此，黄瓜育种从业者在针对该性状培育新品种的过程中无法利用分子标记从苗期进行基因型鉴定和选择，从而造成了人力，物力，财力和时间的极大浪费。发明内