一种与西瓜果皮底色相关的InDel分子标记及其应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115369184A(43)申请公布日2022.11.22(21)申请号202211030196.X(22)申请日2022.08.26(71)申请人湖北省农业科学院经济作物研究所地址430000湖北省武汉市洪山区南湖瑶苑(72)发明人周伟戴照义易丽聪王运强伍娜陈子彪(74)专利代理机构徐州君撷知识产权代理有限公司32673专利代理师钱宝(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12N15/11(2006.01)C12Q1/686(2018.01)权利要求书1页说明书7页附图1页(54)发明名称一种与西瓜果皮底色相关的InDel分子标记及其应用(57)摘要本发明属于西瓜分子育种技术领域，具体涉及一种与西瓜果皮底色相关的InDel分子标记及其应用。本发明利用一个绿皮育种材料(W‑2‑2)和三白瓜杂交分别构建F2分离群体和BC1回交群体，发现该绿皮性状由单基因控制。通过BSA‑seq方法将该基因定位于西瓜的9号染色体，利用F2分离群体进行精细定位，并开发一个与该性状紧密连锁的分子标记I_P5。利用上述分子标记I_P5可以实现苗期西瓜果皮底色的快速鉴定，可以用于西瓜的分子标记辅助育种。CN115369184ACN115369184A权利要求书1/1页1.一种与西瓜果皮底色相关的InDel分子标记，其特征在于，所述分子标记为I_P5，位于西瓜基因组9号染色体上，其在绿色果皮底色西瓜中的核苷酸序列如序列1所示，在白色果皮底色西瓜中的核苷酸序列如序列2所示。2.根据权利要求1所述的与西瓜果皮底色相关的InDel分子标记，其特征在于，绿皮材料相比白皮材料在序列的5’端起第48位碱基处存在29bp的插入，该插入位于西瓜基因组9号染色体，且位点插入29bp的西瓜果皮底色为绿色，所述InDel位点没有碱基插入的表现为白色。3.一种用于检测如权利要求1或2所述的与西瓜果皮底色相关的InDel分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对的特异性引物和扩增的目的片段长度如下：正向引物序列为TGGGTTTGGATACCCATCTTATTAACTTG；反向引物序列为TATTGGTAGAAATAGGGTTTATGAGATAAA，扩增长度为126bp或97bp。4.一种基于权利要求1～2任一项所述的InDel分子标记在鉴定或辅助鉴定西瓜果皮底色中的应用。5.一种利用权利要求1～2任一项所述的InDel分子标记鉴定苗期西瓜果皮底色的方法，其特征在于，包括以下步骤：S1，DNA提取，并使用分子标记I_P5对群体单株的基因型进行分子检测；S2，对检测结果进行分析：若待测西瓜的核苷酸序列为序列表中的序列1，则待测西瓜果皮底色为绿色；若待测膝盖的核苷酸序列为序列表中的序列2，则待测西瓜果皮底色为白色。6.根据权利要求5所述的鉴定苗期西瓜果皮底色的方法，其特征在于，所述DNA提取具体包括：采用CTAB法提取待测西瓜材料的基因组DNA。7.根据权利要求5所述的鉴定苗期西瓜果皮底色的方法，其特征在于，在步骤S1与S2之间还包括：扩增目的片段：以待测西瓜材料基因组DNA为模板，利用上述引物对进行PCR扩增；基因分型：利用聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法鉴定所述InDel位点的碱基类型，所述InDel位点存在29bp插入的西瓜果皮底色为绿色，无碱基插入的西瓜果皮底色为白色；PCR反应体系：2×PCRMix12.5μL、DNA2.5μL、上游引物1.5μL、下游引物1.5μL；PCR程序：94℃2min；94℃10sec，58℃10sec，72℃10sec，共33个循环；72℃7min；4℃保存。2CN115369184A说明书1/7页一种与西瓜果皮底色相关的InDel分子标记及其应用技术领域[0001]本发明涉及西瓜分子育种技术领域，更具体地，涉及一种与西瓜果皮底色相关的InDel分子标记及其应用。背景技术[0002]西瓜是全球十大消费水果之一，在全世界范围内广泛种植。中国是世界上最大的西瓜生产及消费国。果皮颜色是西瓜果实重要的外观品质性状之一，是不同色素积累的结果。在消费市场上，相比与黄皮和白皮，绿皮花纹的西瓜更受消费者的喜爱。因此，果皮颜色已经成为影响西瓜市场价值的重要因素。在此背景下，研究西瓜果皮颜色的遗传及其分子标记，对于选育受市场欢迎的西瓜新品种具有重要的意义。[0003]西瓜果皮底色遗传复杂，受多个基因调控。目前西瓜果皮底色调控的分子机理仍不清楚，因此需要进一步开展西瓜的果皮底色研究，开发与特定果皮底色性状紧密连锁的分子标记。利用分子标记辅助选择技术对后代进行基因型检测，可显著缩短育种周期，提高育种效率。发明内容[0004]本发明针对现有技术中存在的西瓜果皮底色调控的分子机理仍不清楚的技术问题。[0