一种与绿豆耐碱性钙质土胁迫基因共分离的InDel分子标记.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115852009A(43)申请公布日2023.03.28(21)申请号202210873523.1(22)申请日2022.07.22(71)申请人江苏省农业科学院地址210014江苏省南京市玄武区钟灵街50号(72)发明人林云袁星星陈新陈景斌薛晨晨闫强吴然然刘金洋吴燕拔杰宋他(74)专利代理机构北京东方盛凡知识产权代理有限公司11562专利代理师李哲(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书11页序列表（电子公布）附图2页(54)发明名称一种与绿豆耐碱性钙质土胁迫基因共分离的InDel分子标记(57)摘要本发明公开一种与绿豆耐碱性钙质土胁迫基因共分离的InDel分子标记，涉及分子生物学和遗传学领域；本发明公开一种与绿豆耐碱性钙质土胁迫基因VrH+‑ATPaseNM共分离的InDel分子标记和引物，所述InDel分子标记为SEQIDNO：6所示的核苷酸序列片段；其中，SEQIDNO：6所示的核苷酸序列片段与耐碱性钙质土胁迫基因VrH+‑ATPaseNM共分离；所述引物扩增产物在NM‑12‑10和其他品种间会产生条带大小的差异，从而准确的在苗期鉴定出携带VrH+‑ATPaseNM的个体，节省育种时间，加快育种进程，降低育种成本，整个检测过程操作简单且准确性高，极大地降低了工作周期和成本。CN115852009ACN115852009A权利要求书1/1页1.一种与绿豆耐碱性钙质土胁迫基因VrH+‑ATPaseNM共分离的InDel分子标记，其特征在于：所述InDel分子标记为SEQIDNO：6所示的核苷酸序列片段，共281bp；所述SEQIDNO：6所示的核苷酸序列片段与耐碱性钙质土胁迫基因VrH+‑ATPaseNM共分离。2.一种权利要求1所述的InDel分子标记的CST‑Indel引物组，其特征在于：所述CST‑Indel引物组包含两条特异性引物，核苷酸序列如SEQIDNo：3‑4所示。3.一种含有权利要求1所述的InDel分子标记或权利要求2所述的CST‑Indel引物组的试剂盒。4.一种根据权利要求1所述的InDel分子标记或权利要求2所述的CST‑Indel引物组或权利要求3所述的试剂盒在绿豆育种中的应用。5.一种根据权利要求1所述的InDel分子标记或权利要求2所述的CST‑Indel引物组或权利要求3所述的试剂盒在快速筛选绿豆耐碱性钙质土胁迫材料中的应用。6.一种筛选耐碱性钙质土胁迫绿豆品种的方法，其特征在于：以待测绿豆样品的基因组DNA作为模板，利用权利要求2所述的CST‑Indel引物组对模板进行扩增，扩增结果为281bp时，所述绿豆品种耐碱性钙质土胁迫。7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述方法的具体步骤为：(1)绿豆亲本与品种NM‑12‑10杂交获得的后代，提取DNA；(2)利用CST‑Indel引物组对步骤(1)中的DNA进行PCR扩增，获得PCR产物；(3)所述PCR产物进行电泳检测，通过电泳条带大小鉴定待测样品是否为耐碱性钙质土胁迫绿豆品种。8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述电泳检测在电泳槽中进行。2CN115852009A说明书1/11页一种与绿豆耐碱性钙质土胁迫基因共分离的InDel分子标记技术领域[0001]本发明涉及分子生物学和遗传学领域，特别是涉及一种与绿豆耐碱性钙质土胁迫基因共分离的InDel分子标记。背景技术[0002]绿豆(VignaradiataL.)是我国重要的豆科作物，绿豆籽粒富含蛋白质、碳水化合物、维生素和微量元素，叶片茎秆可用作饲料或绿肥，绿豆根部通过根瘤菌共生可以起到固氮作用，具有养地的功能，深受消费者的喜爱。然而绿豆作为小宗作物，往往得不到优先种植，分配到的土壤条件较差，其中大部分为石灰质土壤。石灰质土壤是指地表15cm以下土层中，碳酸钙含量在15％以上的土壤，世界上约有30％的耕地是石灰质土壤，我国华北和西北存在大量石灰质土壤。石灰质土壤在雨水的作用下发生水解并产生游离的碳酸氢根阴离子，引起土壤的碱化并导致土壤中的游离态金属离子(如Fe3+和Zn2+)被沉淀或螯合，使得植物可吸收利用的金属元素含量显著降低，在石灰质土壤中，可利用铁元素仅能提供植物正常生长所需铁元素的0.1‑10％，导致植物叶片发黄，产生缺铁失绿症。[0003]随着高通量测序技术的发展，基于全基因组重测序的插入/缺失多态性标记(Insertion/deletion,InDel)越来越受到关注，InDel标记具有在基因组内分布广泛、密度高、变异稳定、多态性强、检测容易等优点。随着基因组学及生物信息学的的发展，大量公共