与菠菜抗霜霉病基因RPF2紧密连锁的SNP分子标记及其应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115896320A(43)申请公布日2023.04.04(21)申请号202110931985.X(22)申请日2021.08.13(71)申请人中国农业科学院蔬菜花卉研究所地址100081北京市海淀区中关村南大街12号(72)发明人钱伟刘志远徐兆生张合龙王晓武武剑(74)专利代理机构北京路浩知识产权代理有限公司11002专利代理师商秀玲(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书7页序列表2页附图2页(54)发明名称与菠菜抗霜霉病基因RPF2紧密连锁的SNP分子标记及其应用(57)摘要本发明涉及植物分子遗传育种技术领域，具体涉及与菠菜抗霜霉病基因RPF2紧密连锁的SNP分子标记及其应用。本发明提供的SNP分子标记为KMR2‑1‑2，其多态性位点位于菠菜3号染色体的第1371076位，多态性为C/T：基因型为TT或CT，对应于含有菠菜抗霜霉病基因RPF2，表现为抗霜霉病；基因型为CC，对应于不含有菠菜抗霜霉病基因RPF2。本发明还提供基于KASP技术的用于该SNP分子标记分型的特异性引物，其分析通量高，准确率高，且操作简单。该分子标记和引物可用于抗病基因位点RPF2的鉴定和分子标记辅助育种，加快菠菜霜霉病抗性品种的选育，缩短育种年限。CN115896320ACN115896320A权利要求书1/1页1.与菠菜抗霜霉病基因RPF2紧密连锁的SNP分子标记，其特征在于，其为分子标记KMR2‑1‑2，其多态性位点位于菠菜3号染色体的第1371076位，多态性为C/T。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，多态性位点位于如SEQIDNO.1所示序列的第45位，多态性为C/T。3.根据权利要求1或2所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记由序列如SEQIDNO.2和SEQIDNO.4所示的引物扩增得到，或者由序列如SEQIDNO.3和SEQIDNO.4所示的引物扩增得到。4.根据权利要求1～3任一项所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的基因型为TT或CT，对应于含有菠菜抗霜霉病基因RPF2，表现为抗霜霉病；所述SNP分子标记的基因型为CC，对应于不含有菠菜抗霜霉病基因RPF2。5.用于检测权利要求1～4任一项所述的SNP分子标记的特异性引物组，其特征在于，其包含具有如SEQIDNO.2‑3所示序列的正向引物以及具有如SEQIDNO.4所示序列的反向引物；优选地，所述正向引物的5’端还连接有荧光标签序列。6.含有权利要求5所述的特异性引物组的试剂盒。7.权利要求1～4任一项所述的SNP分子标记或权利要求5所述的特异性引物组或权利要求6所述的试剂盒的如下任一种应用：(1)在鉴定菠菜抗霜霉病基因RPF2中的应用；(2)在鉴定抗霜霉病菠菜中的应用；(3)在抗霜霉病菠菜的分子标记辅助育种中的应用；(4)在菠菜霜霉病抗性的种质资源改良中的应用。8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述应用包括：以待测菠菜植株的DNA为模板，采用具有如SEQIDNO.2‑4所示序列的引物进行PCR扩增，根据PCR扩增产物判断待测菠菜植株中是否含有抗霜霉病基因RPF2。9.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，所述PCR扩增的反应程序如下：(1)94℃、15分钟；1个循环；(2)94℃、20秒，61‑55℃、60秒、每个循环降低0.6℃；10个循环；(3)94℃、20秒，55℃、60秒；26个循环；上述反应程序结束后进行荧光检测分析，若聚类结果不理想，则再进行如下反应程序：(4)94℃、20秒，57℃、60秒；3‑9个循环，结束后再次进行荧光检测分析；优选地，所述PCR扩增的反应体系中，具有SEQIDNO.2、SEQIDNO.3、SEQIDNO.4所示序列的引物的摩尔比为1:1:2。10.根据权利要求8或9所述的应用，其特征在于，若读取到的荧光信号为具有SEQIDNO.2所示序列的引物对应的荧光信号，则判断待测菠菜植株含有抗霜霉病基因RPF2；若读取到的荧光信号为具有SEQIDNO.3所示序列的引物对应的荧光信号，则判断待测菠菜植株不含有抗霜霉病基因RPF2。2CN115896320A说明书1/7页与菠菜抗霜霉病基因RPF2紧密连锁的SNP分子标记及其应用技术领域[0001]本发明涉及植物分子遗传育种技术领域，具体涉及与菠菜抗霜霉病基因RPF2紧密连锁的SNP分子标记及其应用。背景技术[0002]菠菜(Spinaciaoleracea.L)，苋科藜亚科菠菜属，一、二年生草本植物，原产波斯(今伊朗)，约1300年前作为贡品传入中国后，