西瓜种皮厚度紧密连锁SNP分子标记及其应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115369183A(43)申请公布日2022.11.22(21)申请号202210957476.9(22)申请日2022.08.10(71)申请人中国农业科学院郑州果树研究所地址450009河南省郑州市管城回族区港湾路28号(72)发明人李娜马双武周丹李楠楠孔胜楠尚建立王吉明(74)专利代理机构郑州盈派知识产权代理事务所(普通合伙)41196专利代理师张晓辉樊羿(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书6页附图1页(54)发明名称西瓜种皮厚度紧密连锁SNP分子标记及其应用(57)摘要本发明公开了一种西瓜种皮厚度紧密连锁的SNP分子标记及其应用，旨在解决对西瓜果种皮厚度基因缺乏识别、鉴定方法的技术问题。本发明提供了一种西瓜种皮厚度紧密连锁的SNP位点（西瓜基因组6号染色体第7046144bp处碱基由T突变为C），基于SNP位点的酶切信息设计了dCAPS分子标记引物N6‑32。应用该标记进行分子标记辅助选择育种，能以更快速、准确的进行西瓜种皮厚度的定向遗传改良；通过简便的实验操作和分析即可快速鉴定西瓜果实大小，为西瓜种皮厚度性状的检测提供了快速、简便、科学实用的检测鉴定技术。CN115369183ACN115369183A权利要求书1/1页1.一种西瓜种皮厚度紧密连锁SNP分子标记，其特征在于，基于西瓜97103参考基因组V2版，位于6号染色体7046144bp处的碱基由厚种皮性状的T突变为薄种皮性状的C。2.一种检测试剂盒，其特征在于，包括NlaIII限制性内切酶及如下引物N6‑32：正向引物N6‑32F：5’‑TAATAGGGAAGAGTAGAGGG‑3’；反向引物N6‑32R：5’‑TAAACCAAACACAAGCCAT‑3’；。3.权利要求1所述SNP分子标记或权利要求2所述检测试剂盒在西瓜种皮厚薄品种/系选育中的应用。4.一种鉴定西瓜种皮厚度基因型的方法，其特征在于，包括如下步骤：（1）提取待鉴定西瓜总DNA后，以权利要求2中所述引物N6‑32进行PCR扩增：（2）以限制性内切酶NlaIII酶切上步所得PCR产物；（3）对所得酶切产物进行电泳图谱分析，基于所述扩增产物的条带大小及位置关系确定所属基因型，其中，出现单一条带391bp或两条带391bp与375bp则为厚种皮基因型，出现单一条带375bp则为薄种皮基因型。5.根据权利要求4所述的鉴定西种皮厚度基因型的方法，其特征在于，在所述步骤（1）中，利用植物基因组DNA提取试剂盒TIANGEN提取待鉴定西瓜叶片总DNA。6.根据权利要求4所述的鉴定西瓜种皮厚度基因型的方法，其特征在于，在所述步骤（1）中，PCR扩增体系为：西瓜叶片总DNA1μL、所述正向引物N6‑32F1μL、所述反向引物N6‑32R1μL、2×PowerTaqPCRMasterMix12.5μL、ddH2O9.5μL；扩增程序为：94℃5min，35个循环的94℃30s、52℃30s、72℃30s，72℃10min。7.根据权利要求4所述的鉴定西瓜种皮厚度基因型的方法，其特征在于，在所述步骤（2）中，酶切反应体系为：PCR产物2μl，NlaIII限制性内切酶0.2μl，10×buffer1μl，ddH2O6.8μl；反应程序为：37℃恒温处理10h，65℃灭活20min。2CN115369183A说明书1/6页西瓜种皮厚度紧密连锁SNP分子标记及其应用技术领域[0001]本发明涉及西瓜分子标记辅助育种领域技术领域，具体涉及一种西瓜种皮厚度紧密连锁SNP分子标记及其应用。背景技术[0002]西瓜（Citrulluslanatus）是世界十大水果之一，因其汁多味美，富含瓜氨酸、类胡萝卜素、番茄红素等对人体有益的功能营养成分而成为深受人们喜爱的时令水果。然而西瓜果实中的籽粒影响食用体验；因而西瓜种子性状，如种子大小和数量，皆是西瓜新品种选育时重点考察的性状。选育种子小、种子数量少的品种有利于提高西瓜果瓤的食用率，且方便消费者食用。目前主要基于染色体加倍技术而创制的无籽西瓜种子存在明显的“三低”问题（李涵等，2014），加上其果实成熟普遍较晚、需配授粉品种等缺点，制约了无籽西瓜在生产上的全面推广。如能培育出种子可食用的软籽西瓜，像软籽石榴一样咀嚼后吞咽没有障碍，无需吐籽，将是西瓜育种的一个重大突破。[0003]另一方面，西瓜种子是优质的蛋白质和植物油资源(王晓娟，2012)，对人体有重要的保健功能。对于鲜食西瓜而言，厚的种皮是种子的天然保护屏障，但也是种子不能直接食用的主要原因。黏籽西瓜（CitrullusMucosospermus）是