一种结核分枝杆菌药物耐药基因检测引物组合物及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN113817850A(43)申请公布日2021.12.21(21)申请号202111044169.3(22)申请日2021.09.07(71)申请人中国农业科学院农业基因组研究所地址518120广东省深圳市大鹏新区布新路97号申请人深圳市第三人民医院(72)发明人刘万飞曲久鑫林强崔鹏(74)专利代理机构北京精金石知识产权代理有限公司11470代理人陈伟(51)Int.Cl.C12Q1/689(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12Q1/04(2006.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书15页说明书42页序列表61页(54)发明名称一种结核分枝杆菌药物耐药基因检测引物组合物及其应用(57)摘要本发明提供了一种结核分枝杆菌药物耐药基因检测的引物组合物及其试剂盒，属于基因检测技术领域。本发明所述的引物组合物或试剂盒可用于检测临床治疗结核分枝杆菌的20种药物相关的58个耐药基因中1200个序列变异位点，可对临床提取物直接进行结核分支杆菌鉴定，不需要培养，提高了序列变异位点的检测个数及检测覆盖度，降低了序列变异位点的漏检率，检测特异性强、灵敏度高，同时可对大批量样本进行平行检测，降低了检测成本。本发明所述的引物组合物及其试剂盒可广泛应用于科研、药物疗效研究、结核病流行病调查、以及结核病临床用药指导。CN113817850ACN113817850A权利要求书1/15页1.一种结核分枝杆菌药物耐药基因检测的引物组合物，其特征在于：所述的引物组合物包括：2CN113817850A权利要求书2/15页3CN113817850A权利要求书3/15页4CN113817850A权利要求书4/15页5CN113817850A权利要求书5/15页6CN113817850A权利要求书6/15页7CN113817850A权利要求书7/15页8CN113817850A权利要求书8/15页9CN113817850A权利要求书9/15页10CN113817850A权利要求书10/15页2.根据权利要求1所述的引物组合物，其特征在于：所述的结核分枝杆菌药物包括利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、莫西沙星、氧氟沙星、阿米卡星、卡那霉素、卷曲霉素、吡嗪酰胺、利福布汀、乙硫异烟胺、氯法齐明、对氨基水杨酸。3.根据权利要求2所述的引物组合物，其特征在于：所述的引物组合物用于检测以下结核分枝杆菌耐药基因检测位点：(1)利福平，共包括4个耐药基因105个多态性位点，分别为：1)rpoB基因82个位点：G95F，V170F，P206R，A286V，Y314C，H323Y，V359A，T400A，F424L，F424V，T427I，Q429H，Q429V，L430P，S431G，S431T，Q432A，Q432E，Q432K，Q432L，Q432P，M434I，D435A，D435H，D435F，D435G，D435N，D435V，D435Y，N437S，N438P，S441L，S441Q，S441P，S441T，S441X，L443F，T444S，T444I，H445A，H445C，H445D，H445F，H445G，H445L，H445P，H445R，H445S，H445Y，H445X，H445Q，H445N，K446Q，K446R，R448X，L449Q，S450C，S450F，S450L，S450Q，S450W，S450Y，S450P，S450X，A451G，A451V，L452P，P454L，I480V，I491F，R511L，T526S，D545E，H674Q，T676P，E761D，G981D，1292‑/GCC，1296‑/TTC，1312AAC/‑，1328‑/GAC，1396‑/ATTC；2)rpoC基因19个位点：A172V，G332R，N416S，N416T，P434T，F452L，F452S，V483A，D485N，11CN113817850A权利要求书11/15页I491T，L516P，L527V，G594E，P601L，N689S，D747A，D747G，N826K，I885V；3)rpoA基因3个位点：R186C，T187PA，E319K；4)rpoZ基因1个位点：I55X；(2)异烟肼，共包括18个耐药基因的207个多态性位点，分别为：1)katG基因104个位点：V1A，C20S，Q88E，W90R，W90X，R104L，R104Q，A106V，H108Q，H108G，A109V，A110V，G125D，Q127P，N138S，N138H，A139P，A139V，S140N，L141F，D142G，L148R，L148A，W149X