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本发明提供了检测水稻重组蛋白质中残留DNA的引物对及探针、包含该引物对及探针的试剂盒以及利用该引物对及探针检测水稻重组蛋白质中残留DNA的方法,所述引物对及探针特异性结合水稻基因组DNA上SEQIDNO:1所示区段。利用所述引物对及探针的PCR检测方法操作简便快捷、灵敏度高、能区分大肠杆菌、人类、仓鼠等干扰性DNA。