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本发明公开了一种重组人GLP?1?Fc融合蛋白的纯化方法,包括:(1)将重组人GLP?1?Fc融合蛋白的细胞发酵液进行预处理得到重组人GLP?1?Fc融合蛋白粗样;(2)制备亲和层析柱;(3)将重组人GLP?1?Fc融合蛋白粗样上样亲和层析柱,经过淋洗处理后采用洗脱液进行洗脱,收集含有样品峰的洗脱液,得到重组人GLP?1?Fc融合蛋白纯品。本发明通过优选亲和填料,优化淋洗缓冲液的pH值以及洗脱缓冲液的pH值,筛选洗脱液的最佳收集范围以及最佳上样动态载量,最终所建立的纯化方法能够最大限度除去HCP,洗脱体积小,所制备的重组人GLP?1?Fc融合蛋白纯度和收率高。