一种用于肿瘤融合基因荧光原位杂交检测的质控品及其制备方法.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN113881756A(43)申请公布日2022.01.04(21)申请号202111291652.1(22)申请日2021.11.01(71)申请人菁良基因科技（深圳）有限公司地址518083广东省深圳市盐田区海山街道田东社区深盐路2028号大百汇生命健康产业园二期3A栋8楼(72)发明人韦良慎邱凯史鹏燕魏孝林辜依琳林欣欣郑静贤张秀芝(74)专利代理机构北京精金石知识产权代理有限公司11470代理人朱宝莉(51)Int.Cl.C12Q1/6841(2018.01)C12Q1/6886(2018.01)C12N15/90(2006.01)权利要求书1页说明书17页序列表6页附图4页(54)发明名称一种用于肿瘤融合基因荧光原位杂交检测的质控品及其制备方法(57)摘要本发明提供一种用于肿瘤融合基因荧光原位杂交检测的质控品的制备方法，所述的制备方法中包括融合基因的编辑，所述的融合基因的编辑中包括：(1)在参与融合的两个基因的预期断点附近各设计一条sgRNA；(2)设计一个重组AAV载体使两处断裂的DNA发生同源重组修复。本发明的FISH质控品通过基因编辑获得融合序列与预期完全一致的融合基因细胞系作为原料，具有可稳定重复生产、可确保质控品均匀性和一致性的优点，避免临床样本或购买天然携带融合基因的细胞系作为质控品的缺陷。CN113881756ACN113881756A权利要求书1/1页1.一种用于肿瘤融合基因荧光原位杂交检测的质控品的制备方法，其特征在于，所述的制备方法中包括：融合基因的编辑；所述的融合基因的编辑中包括：(1)在参与融合的两个基因的预期断点附近各设计一条sgRNA；(2)设计一个重组AAV载体使两处断裂的DNA发生同源重组修复。2.根据权利要求1所述的制备方法，其特征在于，所述的sgRNA在基因预期断点上游或下游的100bp以内的区域，所述的预期断点在外显子内部、外显子边界或内含子区域。3.根据权利要求2所述的制备方法，其特征在于，所述的sgRNA选自SEQIDNO.2、SEQIDNO.3、SEQIDNO.13、SEQIDNO.14。4.根据权利要求3所述的制备方法，其特征在于，所述的两个基因为基因A和基因B，所述的重组AAV载体包含两个结构区：Ⅰ区为同源左臂，起始于基因A预期断点上游的100‑1000bp区域，终止于基因A的预期断点；Ⅱ区为同源右臂，起始于基因B的预期断点，包含其下游的100‑1000bp区域。5.根据权利要求4所述的制备方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)融合基因的编辑；(2)携带融合基因的细胞培养和收集；(3)中性福尔马林固定；(4)琼脂糖凝胶溶液固定成型；(5)脱水后石蜡包埋；(6)切片展片烤片。6.一种融合基因的编辑方法，其特征在于，所述的编辑方法中包括权利要求1中所述的基因融合的编辑方法；所述的融合基因为SLC34A2基因与ROS1基因的融合或EML4基因与ALK基因的融合。7.一种用于肿瘤融合基因荧光原位杂交检测的质控品，其特征在于，所述的质控品通过权利要求1‑6任一项所述的制备方法制备。8.权利要求1‑6任一项所述的制备方法和/或权利要求7所述质控品在制备用于肿瘤融合基因荧光原位杂交检测的试剂和/或试剂盒中的应用。9.一种用于肿瘤融合基因荧光原位杂交检测的试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒中包括权利要求7所述的质控品。10.根据权利要求9所述的试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒中还包括其他用于荧光原位杂交检测的试剂。2CN113881756A说明书1/17页一种用于肿瘤融合基因荧光原位杂交检测的质控品及其制备方法技术领域[0001]本发明属于分子检测领域，具体涉及一种用于肿瘤融合基因荧光原位杂交检测的质控品及其制备方法。背景技术[0002]肺癌在发病数量与死亡人数上，是当之无愧的“癌中之王”。其中非小细胞肺癌(nonsmallcelllungcancer，NSCLC)约占80％‑85％。[0003]随着精准医学的发展，肿瘤的治疗已进入靶向治疗的时代，而分子病理检测是其基础。在原发性肺癌诊疗规范中，推荐对于Ⅱ‑ⅢA期NSCLC、N1/N2阳性的非鳞癌患者及小标本鳞癌患者进行肿瘤组织表皮生长因子受体(epidermalgrowthfactorreceptor，EGFR)突变。对于晚期NSCLC患者，应在诊断的同时常规进行肿瘤组织的EGFR基因突变、间变性淋巴瘤激酶(anaplasticlymphomakinase，ALK)和ROS1融合基因检测，有条件者可进行Braf突变、c‑Met14号外显子跳跃突变、Her‑2突变、Ret融合基因等检测和PD‑L1免疫组化检测。[0004]对中国非小细胞肺癌患者来说，最有临床价值的靶