一种用于泛肿瘤ctDNA-MRD检测的质控品、制备方法及其应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115216520A(43)申请公布日2022.10.21(21)申请号202210924790.7(22)申请日2022.08.02(71)申请人苏州艾迪缇生物科技有限公司地址215100江苏省苏州市吴中区郭巷街道吴淞江大道111号3幢5号楼5层508室(72)发明人任锋罗键(74)专利代理机构成都鱼爪智云知识产权代理有限公司51308专利代理师范伦(51)Int.Cl.C12Q1/6806(2018.01)C12Q1/6886(2018.01)权利要求书1页说明书7页(54)发明名称一种用于泛肿瘤ctDNA-MRD检测的质控品、制备方法及其应用(57)摘要本申请提出了一种用于泛肿瘤ctDNA‑MRD检测的质控品、制备方法及其应用，涉及微小病灶残留检测技术领域。该制备方法包括细胞系培养，STR鉴定，DNA纯化，WES测序，引物和探针的设计开发与验证，肿瘤细胞与白细胞DNA精确混合，DNA的片段化等步骤。通过该制备方法能得到稳定的泛肿瘤ctDNA‑MRD检测质控品，可解决市面上各家ctDNA‑MRD检测机构标准不统一，检测限无法评估，检测结果假阴性频出和无可用的MRD质控品这些难题。该质控品能很好的应用于市面上所有的基于数字PCR或NGS平台的多种癌种的ctDNA‑MRD检测试剂盒的性能评估和临床诊断，具有良好的应用前景。CN115216520ACN115216520A权利要求书1/1页1.一种用于泛肿瘤ctDNA‑MRD检测的质控品的制备方法，其特征在于，其包括以下步骤：将配对的人源细胞系，经STR验证后进行扩大培养和DNA纯化；将纯化后的人源细胞系DNA进行WES测序以及测序数据分析，设计开发验证引物和探针；所述配对的人源细胞系包括肿瘤来源的细胞系和从同一个体来源的配对的白细胞系，将肿瘤细胞系DNA和配对白细胞系DNA进行混合，得到DNA混合液；数字PCR标定肿瘤细胞DNA含量，将标定后的DNA混合液进行DNA的片段化操作，制备ctDNA，所述ctDNA即为所述质控品。2.根据权利要求1所述的一种用于泛肿瘤ctDNA‑MRD检测的质控品的制备方法，其特征在于，所述人源细胞系为人类白血病、淋巴瘤、多发性骨髓瘤、鼻咽癌、结肠癌、直肠癌、乳腺癌、胰腺癌和肺癌等中的一种或者多种。3.根据权利要求1所述的一种用于泛肿瘤ctDNA‑MRD检测的质控品的制备方法，其特征在于，所述人源细胞系STR验证结果与数据库100％一致。4.根据权利要求1所述的一种用于泛肿瘤ctDNA‑MRD检测的质控品的制备方法，其特征在于，所述测序深度不低于500X，有效数据量不低于80G。5.根据权利要求1所述的一种用于泛肿瘤ctDNA‑MRD检测的质控品的制备方法，其特征在于，所述设计开发验证引物和探针的过程中，先过滤配对白细胞系来源的胚系突变，留下仅为肿瘤来源的突变，并以此突变列表为基础，进行数字PCR引物和探针的设计开发验证。6.根据权利要求1所述的一种用于泛肿瘤ctDNA‑MRD检测的质控品的制备方法，其特征在于，所述混合具体为：将肿瘤细胞系DNA和配对白细胞系DNA按照特定的DNA质量比例进行精确混合。7.根据权利要求6所述的一种用于泛肿瘤ctDNA‑MRD检测的质控品的制备方法，其特征在于，所述混合采用的是梯度稀释的方法，分步进行混合，所述肿瘤细胞DNA含量包括以下梯度：0％、0.5％、0.05％、0.005％、0.001％和100％。8.一种如权利要求1‑7任一项所述的用于泛肿瘤ctDNA‑MRD检测的质控品的制备方法所制备的质控品。9.一种如权利要求8所述的用于泛肿瘤ctDNA‑MRD检测的质控品在MRD检测试剂盒性能评价中的应用，所述评价包括检测限评价、特异性评价、灵敏度评价、准确性评价和稳定性评价中的一种或者多种。10.一种如权利要求8所述的用于泛肿瘤ctDNA‑MRD检测的质控品在MRD临床诊断、实验室日常质控和室间质评中的应用。2CN115216520A说明书1/7页一种用于泛肿瘤ctDNA‑MRD检测的质控品、制备方法及其应用技术领域[0001]本申请涉及微小病灶残留检测技术领域，具体而言，涉及一种用于泛肿瘤ctDNA‑MRD检测的质控品、制备方法及其应用。背景技术[0002]微小残留病(MinimalResidualDisease，MRD)是指白血病/淋巴瘤/骨髓瘤患者经治疗缓解后，体内仍残留少量癌细胞的状态，最终可能会引起疾病复发。因残留的癌细胞数量较少，不易察觉，因此需要更准确和灵敏地方法才能检测到。注意的是，现在NCCN指南和欧洲专家共识中MRD有时也指MeasurableResidualDisease，即可测量残留病灶。[0003]MRD是一种生物标志物，医生可