一种肿瘤突变负荷检测的质控品及其制备方法.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN114182018A(43)申请公布日2022.03.15(21)申请号202111555192.9(22)申请日2021.12.17(71)申请人北京医院地址100730北京市东城区东单大华路1号(72)发明人李金明彭绒雪张瑞(74)专利代理机构天津欣达睿诚知识产权代理事务所(普通合伙)12216代理人李欣孙琳(51)Int.Cl.C12Q1/6886(2018.01)C12Q1/6869(2018.01)C12Q1/6806(2018.01)C12N15/85(2006.01)C12N5/10(2006.01)权利要求书1页说明书9页序列表3页附图1页(54)发明名称一种肿瘤突变负荷检测的质控品及其制备方法(57)摘要本发明公开了一种肿瘤突变负荷检测的质控品及其制备方法，属于医学检验和生物技术领域。一种肿瘤突变负荷检测的质控品，以正常人源细胞为基础，采用基因编辑技术进行编辑，制备得到同时具有至少两个影响DNA复制修复功能的基因突变的超高肿瘤突变负荷细胞系；将制备得到的超高肿瘤突变负荷细胞系与基因编辑基础细胞系按比例进行混合、固定及石蜡包埋，制备成为模拟肿瘤组织FFPE样本类型且具有不同TMB水平的肿瘤突变负荷检测质控品。本发明质控品可长期持续获得，具有相同基因组背景的配对样本，适用于所有TMB检测方法，良好地模拟真实临床肿瘤样本，突变类型包含SNVs和Indels，覆盖同义突变和非同义突变，突变数量覆盖TMB高中低水平，满足多种应用目的。CN114182018ACN114182018A权利要求书1/1页1.一种肿瘤突变负荷检测的质控品，其特征在于：以正常人源细胞为基础，采用基因编辑技术进行编辑，制备得到同时具有DNA错配修复基因突变和DNA复制修复基因突变的超高肿瘤突变负荷细胞系；将制备得到的超高肿瘤突变负荷细胞系与基因编辑基础细胞系按比例进行混合、固定及石蜡包埋，制备成为模拟肿瘤组织FFPE样本类型且具有不同TMB水平的肿瘤突变负荷检测质控品。2.根据权利要求1所述的肿瘤突变负荷检测的质控品，其特征在于：所述基因编辑技术为CRISPR/Cas9技术。3.根据权利要求2所述的一种肿瘤突变负荷检测的质控品，其特征在于：所述CRISPR/Cas9技术为采用CRISPR/Cas9技术进行两步法编辑。4.根据权利要求1所述的一种肿瘤突变负荷检测的质控品，其特征在于：所述DNA错配修复基因包括：MLH1、MLH3、MSH2、MSH3、MSH4、MSH5、MSH6、PMS1、PMS2；DNA复制修复基因包括：POLE、POLD1。5.根据权利要求4所述的一种肿瘤突变负荷检测的质控品，其特征在于：所述DNA错配修复基因为MSH2基因，DNA复制修复基因为POLE基因；MSH2基因与POLE基因的基因突变位点包括但不限于：MSH2c.595T＞C(p.C119R)、MSH2c.1046C＞G(p.P349R)、MSH2c.1865C＞T(p.P622L)、MSH2c.2089T＞C(p.C697R)、MSH2c.2251G＞A(p.G751R)；POLEc.857C＞G(p.P286R)、POLEc.1231G＞T/C(p.V411L)、POLEc.1270C＞A(p.L424I)。6.根据权利要求1所述的一种肿瘤突变负荷检测的质控品，其特征在于：所述超高肿瘤突变负荷细胞系与基因编辑基础细胞系的混合比例为0％～100％，其中超高肿瘤突变负荷细胞系与基因编辑基础细胞系的混合比例为0％时模拟阴性样本。7.权利要求1至6中任一项所述的一种肿瘤突变负荷检测的质控品的制备方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)采用CRISPR/Cas9技术进行两步法编辑，将第一基因突变和第二基因突变，先后引入到基因编辑基础细胞系中，构建得到超高肿瘤突变负荷细胞系；(2)将制备得到的超高肿瘤突变负荷细胞系与基因编辑基础细胞系按比例进行混合、固定及石蜡包埋，制备成为模拟肿瘤组织FFPE样本类型且具有不同TMB水平的肿瘤突变负荷检测质控品。8.根据权利要求7所述的一种肿瘤突变负荷检测的质控品的制备方法，其特征在于：所述基因编辑基础细胞系为正常人细胞系。9.根据权利要求1所述的种肿瘤突变负荷检测的质控品的制备方法，其特征在于：所述第一基因突变为DNA错配修复基因突变，第二基因突变为DNA复制修复基因突变；第一基因包括MLH1、MLH3、MSH2、MSH3、MSH4、MSH5、MSH6、PMS1、PMS2，第二基因包括POLE、POLD1。10.根据权利要求9所述的种肿瘤突变负荷检测的质控品的制备方法，其特征在于：所述DNA错配修复基因为MSH2基因，DNA复制修复基因为POLE基因；MSH2基因与