用于配体指导的抗体设计的方法和组合物.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN111183154A(43)申请公布日2020.05.19(21)申请号201880064753.5(74)专利代理机构北京东方亿思知识产权代理有限责任公司1(22)申请日2018.08.031258代理人赵萌(30)优先权数据62/541,5332017.08.04US(51)Int.Cl.C07K16/00(2006.01)(85)PCT国际申请进入国家阶段日C07K16/28(2006.01)2020.04.03(86)PCT国际申请的申请数据PCT/IB2018/0010002018.08.03(87)PCT国际申请的公布数据WO2019/025865EN2019.02.07(71)申请人艾博抗公开有限公司地址英国剑桥(72)发明人迈克尔·维纳玛格丽特·基斯赵启权利要求书5页说明书21页附图18页(54)发明名称用于配体指导的抗体设计的方法和组合物(57)摘要本公开尤其提供了产生针对靶蛋白的抗体的方法。在一些实施方式中，提供了一种包含多个系留抗体的文库，所述系留抗体包含抗原结合区和与靶蛋白结合的配体。在一些实施方式中，提供了一种文库，所述文库包含用于与靶蛋白结合的多种候选抗体。CN111183154ACN111183154A权利要求书1/5页1.一种产生针对靶蛋白的抗体的方法，所述方法包括：(a)提供系留抗体模板，所述系留抗体模板包含抗原结合区和与靶蛋白的表位结合的配体；(b)通过使所述配体与所述表位之间的结合位点附近的所述抗原结合区的一个或多个接触区随机化来产生第一文库；(c)筛选所述第一文库以鉴定与所述配体相比对所述表位具有提高的结合亲和力的一种或多种抗体；(d)通过使在步骤(c)中鉴定的所述一种或多种抗体的配体携带区随机化来产生第二文库；(e)筛选所述第二文库以鉴定与所述配体相比以相同或提高的亲和力与所述靶蛋白结合的一种或多种抗体。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述表位是功能性表位。3.根据权利要求1所述的方法，其中产生的抗体是激动剂或拮抗剂。4.根据权利要求1所述的方法，其中产生的抗体不是激动剂或拮抗剂。5.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶蛋白是膜蛋白。6.根据权利要求5所述的方法，其中所述膜蛋白是跨膜受体、酶或结构蛋白。7.根据权利要求6所述的方法，其中所述跨膜受体是G-蛋白偶联受体(GPCR)、离子通道偶联受体、病毒受体、或酶联蛋白受体。8.根据权利要求6所述的方法，其中所述酶联蛋白受体是受体酪氨酸激酶。9.根据权利要求2-8中任一项所述的方法，其中所述功能性表位是活性位点。10.根据权利要求9所述的方法，其中所述活性位点是配体结合位点。11.根据权利要求9所述的方法，其中所述活性位点是催化位点。12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述系留抗体模板的所述抗原结合区经由肽键与所述配体融合。13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述系留抗体模板的所述抗原结合区经由共价键与所述配体缀合。14.根据权利要求13所述的方法，其中所述共价键是二硫键。15.根据权利要求13所述的方法，其中所述系留抗体被分选酶或转谷氨酰胺酶缀合。16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述系留抗体的所述抗原结合区是抗体片段。17.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述系留抗体模板的所述抗原结合区是scFv、Fab、Fab'，或IgG。18.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述系留抗体模板的所述抗原结合区是scFv。19.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述配体是肽。20.根据权利要求1-18中的任一项所述的方法，其中所述配体是小分子化合物。21.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述配体与所述抗原结合区的CDR融合或缀合。22.根据权利要求1-20中任一项所述的方法，其中所述配体与轻链可变区的N末端或C2CN111183154A权利要求书2/5页末端融合或缀合。23.根据权利要求1-20中任一项所述的方法，其中所述抗原结合区是scFv并且所述配体与scFv的C末端融合或缀合。24.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述配体经由其N末端或C末端与所述抗原结合区融合或缀合。25.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中在所述抗原结合区与所述配体之间存在连接环。26.根据权利要求25所述的方法，其中所述连接环是肽。27.根据权利要求26所述的方法，其中所述肽包含3-50个氨基酸。28.根据权利要求26所述的方法，其中所述肽包含3-21个氨基酸。29.根据权利要求25所述的方法，其中所述连接环是蛋白质。30.根据权利要求23-29中任一项所述的方法，其中所述方法还包括优化所述连接环的步骤。31.根据权