一种HOOK3-FGFR1新融合基因及其应用和检测试剂盒.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN113025619A(43)申请公布日2021.06.25(21)申请号202110318047.2C12Q1/6858(2018.01)(22)申请日2021.03.25(71)申请人大连医科大学附属第二医院地址116027辽宁省大连市沙河口区中山路467号申请人上海交通大学医学院附属新华医院(72)发明人闫金松卢莹张学红王海娜李炜玲王芙蓉(74)专利代理机构上海盈盛知识产权代理事务所(普通合伙)31294代理人孙佳胤(51)Int.Cl.C12N15/12(2006.01)C12N15/11(2006.01)C12Q1/6883(2018.01)权利要求书1页说明书6页序列表3页附图2页(54)发明名称一种HOOK3-FGFR1新融合基因及其应用和检测试剂盒(57)摘要本发明提供一种HOOK3‑FGFR1新融合基因及其应用和检测试剂盒，所述融合基因的基因序列如SEQIDNO.1所示。本发明中首先应用生物信息学方法发现、鉴定了骨髓异常增生综合征中存在新的融合基因HOOK3‑FGFR1，评估认为HOOK3‑FGFR1可以作为骨髓异常增生综合征的特异性分子标志物，进而开发了一款临床上可用于诊断、监测患者微小残留病(MRD)的试剂盒。试剂盒采用基于Taqman探针的实时荧光PCR技术对MDS患者体内HOOK3‑FGFR1融合基因进行绝对定量，具有检测特异性好、方法简便高效、成本低廉等优点，能够满足临床上的诊疗需求。CN113025619ACN113025619A权利要求书1/1页1.一种HOOK3‑FGFR1新融合基因，其特征在于，所述融合基因为HOOK3‑FGFR1，其基因序列如SEQIDNO.1所示。2.权利要求1所述的HOOK3‑FGFR1新融合基因在制备骨髓异常增生综合征诊断或监测试剂盒中的应用。3.一种检测权利要求1所述HOOK3‑FGFR1新融合基因的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括上游引物、下游引物、Taqman探针、内参、PCR反应缓冲液、阳性对照和阴性对照；所述上游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示；所述下游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.3所示；所述Taqman探针的核苷酸序列如SEQIDNO.4所示。4.根据权利要求3所述的检测HOOK3‑FGFR1新融合基因的检测试剂盒，其特征在于，所述Taqman探针的5’端标记有FAM基团，所述探针的3’端标记有BHQ基团。5.根据权利要求3所述的检测HOOK3‑FGFR1新融合基因的检测试剂盒，其特征在于，所述内参中包含内参上游引物，内参下游引物和内参探针；所述内参上游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.5所示；所述内参下游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.6所示；所述内参探针的核苷酸序列如SEQIDNO.7所示。6.根据权利要求5所述的检测HOOK3‑FGFR1新融合基因的检测试剂盒，其特征在于，所述内参探针5’端标记有FAM基团，所述探针的3’端标记有TAMTRA基团。7.一种非疾病诊断目的的检测权利要求1所述HOOK3‑FGFR1新融合基因的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)提取人血液样本中的总RNA，将RNA反转为cDNA作为待测样品；(2)配置PCR反应液，再分别加入待测样品，阳性对照和阴性对照；(3)实时荧光PCR仪上检测，反应条件：95℃预变性1min；95℃15s，58℃35s，反应40个循环，荧光信号于56℃35s时采集；其中所述PCR反应液包括上游引物、下游引物、Taqman探针、内参、PCR反应缓冲液、阳性对照和阴性对照；所述上游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示；所述下游引物的核苷酸序列如SEQIDNO.3所示；所述Taqman探针的核苷酸序列如SEQIDNO.4所示。2CN113025619A说明书1/6页一种HOOK3‑FGFR1新融合基因及其应用和检测试剂盒技术领域[0001]本发明涉及生物医学技术领域，尤其涉及一种HOOK3‑FGFR1新融合基因及其应用和检测试剂盒。背景技术[0002]骨髓异常增生综合征(myelodysplasticsyndromes,MDS)是一种起源于骨髓造血干细胞的恶性髓系血液病，约30％‑40％的患者会进展为急性髓系白血病(AML)。由于位于染色体的8p11.2区域的FGFR1基因的重排通常也会导致骨髓增生，因此该类疾病又被称为8p11骨髓增生综合征。8p11骨髓增生综合征患者通常携带FGFR1与不同5′端伙伴基因产生的融合基因，进而导致了FGFR1内激酶结构域的组成性激活。目前，已报道的FGFR1伙伴基因有15个，分别包括：TPR(1q25)RANBP2(2q13),LRRFIP1(2q37),TFG(3q1