用于编辑RNA的组合物和方法.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN111629786A(43)申请公布日2020.09.04(21)申请号201880073848.3(74)专利代理机构北京康信知识产权代理有限责任公司1(22)申请日2018.10.091240代理人李小爽(30)优先权数据62/569,3762017.10.06US(51)Int.Cl.A61P23/00(2006.01)(85)PCT国际申请进入国家阶段日C07K19/00(2006.01)2020.05.14A61P25/00(2006.01)(86)PCT国际申请的申请数据C12N9/78(2006.01)PCT/US2018/0550292018.10.09C12N15/09(2006.01)(87)PCT国际申请的公布数据C12N15/10(2006.01)WO2019/071274EN2019.04.11(71)申请人俄勒冈健康与科学大学地址美国俄勒冈州(72)发明人盖尔·曼德尔约翰·P·阿德尔曼权利要求书3页说明书30页约翰·辛纳蒙序列表29页附图15页(54)发明名称用于编辑RNA的组合物和方法(57)摘要提供了用于编辑内源RNA分子的组合物和方法。CN111629786ACN111629786A权利要求书1/3页1.一种用于编辑细胞中内源RNA的靶标序列的方法，所述方法包括向所述细胞递送：a)编码包含连接至RNA结合域的RNA编辑酶的融合蛋白的核酸分子，和b)编码向导RNA的核酸分子，其中所述融合蛋白包含核定位信号，其中所述向导RNA包含所述RNA结合域特异性识别的序列，以及其中所述向导RNA与所述内源RNA中的所述靶标序列特异性杂交，并且在待编辑的核苷酸处包含错配。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述内源RNA在所述细胞的核内。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述RNA编辑酶为脱氨酶。4.根据权利要求1所述的方法，其中所述RNA编辑酶是作用于RNA的腺苷脱氨酶(ADAR)。5.根据权利要求4所述的方法，其中所述ADAR选自由ADAR1、ADAR2、它们的片段以及它们的变体组成的组。6.根据权利要求5所述的方法，其中所述ADAR包含与SEQIDNO：55至少90％的同一性。7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述RNA结合域是λN肽或其变体。8.根据权利要求7所述的方法，其中所述RNA结合域包含与SEQIDNO：46至少90％的同一性。9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法，其中所述RNA结合域特异性识别的所述序列是BoxB序列。10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中所述内源RNA是在中枢神经系统细胞中表达的RNA。11.根据权利要求10所述的方法，其中所述内源RNA是甲基CpG结合蛋白2(MECP2)RNA。12.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述向导RNA还在所述待编辑的核苷酸的上游或下游包含一个或多个错配。13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述核定位信号是SV40大T抗原核定位信号或其变体。14.根据权利要求13所述的方法，其中所述核定位信号包含SEQIDNO：47或者具有1、2或3个替代、添加或缺失的SEQIDNO：47。15.根据权利要求1所述的方法，其中所述核定位信号是SV40大T抗原核定位信号，其中所述RNA结合域是λN肽，其中所述RNA编辑酶是作用于RNA的腺苷脱氨酶(ADAR)，并且其中所述RNA结合域特异性识别的所述序列是BoxB序列。16.根据权利要求1-15中任一项所述的方法，其中a)和b)的核酸分子包含在单个载体内。17.根据权利要求16所述的方法，其中所述载体是病毒载体。18.根据权利要求17所述的方法，其中所述病毒载体是腺相关病毒(AAV)。19.一种用于编辑细胞中内源RNA的靶标序列的方法，所述方法包括向所述细胞递送编码向导RNA的核酸分子，其中所述向导RNA包含内源人作用于RNA的腺苷脱氨酶(ADAR)特异性识别的序列，以及其中所述向导RNA与所述内源RNA中的所述靶标序列特异性杂交，并且在待编辑的核苷酸处包含错配。2CN111629786A权利要求书2/3页20.根据权利要求19所述的方法，其中所述内源RNA在所述细胞的核内。21.根据权利要求19所述的方法，其中所述ADAR是ADAR1或ADAR2。22.根据权利要求21所述的方法，其中所述ADAR包含与SEQIDNO：55至少90％的同一性。23.根据权利要求19所述的方法，其中所述内源RNA是甲基CpG结合蛋白2(MECP2)RNA。24.根据权利要求19-23中任一项所述的方法，其中所述向导RNA还在所述待编辑的核苷酸的上游或下游包含一个或多个错配。25.根据权利要求19-24中任