根蘖型苜蓿根部cDNA文库构建及部分表达序列标签分析的任务书.docx

根蘖型苜蓿根部cDNA文库构建及部分表达序列标签分析的任务书
任务书
任务背景：
苜蓿作为优质饲草的代表，其种植面积和生产数量均居世界前列。苜蓿是一种多年生草本植物，根系发达，并且有很强的根蘖性。因此，对苜蓿根部cDNA进行研究，有助于深入了解苜蓿的生长发育机理，以及从基因水平寻找提高苜蓿产量和品质的关键基因。
任务目标：
本次任务的主要目标是构建根蘖型苜蓿根部cDNA文库，并对部分表达序列进行标签分析。具体任务如下：
1.苜蓿根蘖型品种的根部组织采集、RNA提取和cDNA文库构建：
选择根蘖型品种的苜蓿植株，采集其根部组织并立即置于液氮中保存。采用RNA提取试剂盒进行总RNA的提取。将提取的总RNA通过oligo-(dT)导引的方法选择性的取得mRNA。可选用SMART（SwitchingMechanismat5'endofRNATemplate）技术（生物南京）进行cDNA文库构建。
2.文库质量检测和部分序列克隆：
检测文库的质量，包括文库的插入物含量、插入物大小和重组率等。通过序列分析，选择一些表达水平较高的克隆。对这些克隆进行PCR扩增和序列测定。
3.标签分析：
基于获得的文库克隆和测序数据，对选择的一些克隆进行标签分析。标签分析一般采用IlluminaHiSeq平台，结果通过RNA序列相对定量和差异表达分析，确定目标基因的表达水平和功能。
任务步骤：
1.苜蓿的采集和RNA提取：在适宜的季节里，选择根蘖型品种的苜蓿植株，采集根部组织。在采集时应注意，防止组织的RNA分解，应迅速将所采集的组织置于4℃的RNA保护液中。然后，利用RNA提取试剂盒进行RNA的提取。
2.cDNA文库构建：使用SMART技术进行cDNA文库构建。从总RNA池中选择mRNA进行反转录，随后在第一链合成器中加入进行A-T寡核苷酸尾部联接的SMARTCDS3'PCR引物和SMARTIIA卡式连接器，然后复性反应使反转录cDNA形成。
3.文库质量检测：对文库进行质量检测和文库大小分析。确保文库较好的插入物含量、插入物大小和重组率。
4.克隆筛选：在检验克隆的纯度和浓度后，通过PCR扩增和测序分析获得克隆DNA的序列信息。根据克隆的表达水平，选择部分表达序列进行标签分析。
5.标签分析：将所获得的部分表达序列进行标签分析和功能预测。
任务进度：
-第1周：确定任务目标和计划，准备试剂和材料。
-第2-3周：苜蓿的采集和RNA提取。
-第4-5周：cDNA文库构建、文库质量检测。
-第6-8周：部分克隆筛选、序列分析和PCR扩增。
-第9-12周：标签分析和功能预测，并撰写研究报告。
任务成果：
完成该任务后，我们将获得根蘖型苜蓿cDNA文库、表达序列和标签分析信息，有助于深入了解苜蓿的生长发育机理，从基因水平上寻找提高苜蓿产量和品质的关键基因。
参考文献：
1.Zhao,Y.(2019)RNA-seqanalysisofroottipsrevealstherelationshipbetweendifferentiallyexpressedgenesandrootelongationinalfalfaundertwoammoniumconcentrations.PeerJ7,e8211.
2.Challam,C.M.,Lee,H.U.,andEverard,J.D.(2016)cDNAsequenceandroleofagenecontrollingbranchinginalfalfa.PlantPhysiol.114,901-908.