生物信息学在肿瘤研究中的应用.ppt

生物信息学在肿瘤研究中的应用生物信息学的概念：生物信息学研究的要素生物信息学研究分类生物信息学和肿瘤研究的关系1996,97国际象棋人机大战WhatCanBioinformaticsDoinCancerResearch?HowtoDo?肿瘤生物信息学平台简介数据库平台：(基于Linux系统的MySQL数据库系统)数据库平台(续)ComputationalVelocity:Doubledafter18months;DNADataQuantity:Doubledafter14months;肿瘤生物信息学平台简介自主开发的综合分析体系cDNA,mRNA及EST序列的高通量综合分析平台cDNA,mRNA及EST序列的高通量综合分析平台(续)PrimaryAnalysisofLungCancerSSHcDNALibraryDefinitionofESTMaskVectorandFormatClusterResultDatabaseNewGene(EST)DatabaseElongatedESTUsingReferencemRNADatabaseBlastOutputtoSearchMutation/SNPMutationsFoundfromBlastOutputAnalysisDeletion(ClustalX1.82)Insertion(ClustalW1.82)Here“-”meansinsertionFurtherAnalysisExpressionlevelofgenesinSSHlibrariesLOHmapvs.SSHmap基因芯片数据分析平台NormalizationPathWayAnalysis分析实例PNASNovember20,2001vol.98no.24OriginalArrayDataAnalysisProcedures肺鳞癌基因表达图谱(3号染色体)High-resolutiondetectionofdifferentiallyexpressedchromosomalregionsinNSCLCwasobtainedbyusingmoving-medianmethod
ScreeningofimportantNSCLC-relatedgene
Results信号通路(Gene-geneInteraction)分析平台GeneOntologyPathway
NetworkBioCartaCellCyclePathwayKEGG
酮体代谢Pathway分析给定基因所属的信号通路比较多组基因按功能分组在统计学上的差异，从而得到各组基因的功能差异小结肿瘤生物信息学平台简介自主开发的其他独立功能软件自主开发的其他独立功能软件(续)自主开发的其他独立功能软件(续)自主开发的其他独立功能软件(续)应用GeneOntology数据库及EMBOSS软件包预测SSH文库基因中分泌蛋白（图示：2号染色体）ScreenedsiRNAtargetsitesforX1blue:全自动SAGEmap分析从accessionnumber通过网络或者本地数据库自动快速获得序列及注释小结肿瘤生物信息学平台简介其他引进并安装调试好的软件包SMS(TheSequenceManipulationSuite)：是一组DNA、蛋白序列分析和格式化的软件包，以网页形式发布。它们的分析结果是一系列HTML命令，您可以打印或保存结果，也可以用HTML语言对其进行编辑。
PredictProtein：Proteinsequenceanalysis,andstructureprediction.
GeneScan:著名的分析genomicDNA中的基因序列的软件。
RepeatMasker:重复序列屏蔽
Cross_match/Consed/phred/Phrap/phd2fasta:直接读取测序图，并去除测序结果中的载体部分，进行Contig组装的软件包。
Primer3:基于web的PCR引物设计软件。
sim4:EST的染色体定位软件。
HMMER:运用隐藏马尔可夫链模型(HMM)建立多序列比对模型，并以此到数据库中寻找另外的家族序列。
ClusterW/X:多序列比对工具软件。
Artemis:DNA序列查看及注释工具软件。
BioPerl:生物学分析用的公共Perl模块。
肿瘤生物信息学平台简介2000年列入所院发展规划
2001年4月购置服务器HP-LH3000
2001年9月初步建立平台及肿瘤生物信息学专业网站（目前首页累计总访问量已达24万次），并提供服务。
2002开始逐步建立各种数据库及分析体系肿瘤生物信息学网站:http://bioinfor.cicams.ac.cn张新宇
中心实验室生物信息学
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