生物信息学在肿瘤研究中的应用专家讲座.pptx

生物信息学在肿瘤研究中应用生物信息学概念：生物信息学研究要素生物信息学研究分类生物信息学和肿瘤研究关系1996,97国际象棋人机大战WhatCanBioinformaticsDoinCancerResearch?HowtoDo?肿瘤生物信息学平台介绍数据库平台：(基于Linux系统MySQL数据库系统)数据库平台(续)ComputationalVelocity:Doubledafter18months;DNADataQuantity:Doubledafter14months;肿瘤生物信息学平台介绍自主开发综合分析体系cDNA,mRNA及EST序列高通量综合分析平台cDNA,mRNA及EST序列高通量综合分析平台(续)PrimaryAnalysisofLungCancerSSHcDNALibraryDefinitionofESTMaskVectorandFormatClusterResultDatabaseNewGene(EST)DatabaseElongatedESTUsingReferencemRNADatabaseBlastOutputtoSearchMutation/SNPMutationsFoundfromBlastOutputAnalysisDeletion(ClustalX1.82)Insertion(ClustalW1.82)Here“-”meansinsertionFurtherAnalysisExpressionlevelofgenesinSSHlibrariesLOHmapvs.SSHmap基因芯片数据分析平台NormalizationPathWayAnalysis分析实例PNASNovember20,vol.98no.24OriginalArrayDataAnalysisProcedures肺鳞癌基因表示图谱(3号染色体)High-resolutiondetectionofdifferentiallyexpressedchromosomalregionsinNSCLCwasobtainedbyusingmoving-medianmethodScreeningofimportantNSCLC-relatedgeneResults信号通路(Gene-geneInteraction)分析平台GeneOntologyPathwayNetworkBioCartaCellCyclePathwayKEGG酮体代谢Pathway分析给定基因所属信号通路比较多组基因按功效分组在统计学上差异，从而得到各组基因功效差异小结肿瘤生物信息学平台介绍自主开发其它独立功效软件自主开发其它独立功效软件(续)自主开发其它独立功效软件(续)自主开发其它独立功效软件(续)应用GeneOntology数据库及EMBOSS软件包预测SSH文库基因中分泌蛋白（图示：2号染色体）ScreenedsiRNAtargetsitesforX1blue:全自动SAGEmap分析从accessionnumber经过网络或者当地数据库自动快速取得序列及注释小结肿瘤生物信息学平台介绍其它引进并安装调试好软件包SMS(TheSequenceManipulationSuite)：是一组DNA、蛋白序列分析和格式化软件包，以网页形式公布。它们分析结果是一系列HTML命令，您能够打印或保留结果，也能够用HTML语言对其进行编辑。PredictProtein：Proteinsequenceanalysis,andstructureprediction.GeneScan:著名分析genomicDNA中基因序列软件。RepeatMasker:重复序列屏蔽Cross_match/Consed/phred/Phrap/phd2fasta:直接读取测序图，并去除测序结果中载体部分，进行Contig组装软件包。Primer3:基于webPCR引物设计软件。sim4:EST染色体定位软件。HMMER:利用隐藏马尔可夫链模型(HMM)建立多序列比对模型，并以此到数据库中寻找另外家族序列。ClusterW/X:多序列比对工具软件。Artemis:DNA序列查看及注释工具软件。BioPerl:生物学分析用公共Perl模块。肿瘤生物信息学平台介绍年列入所院发展规划年4月购置服务器HP-LH3000年9月初步建立平台及肿瘤生物信息学专业网站（当前首页累计总访问量已达24万次），并提供服务。开始逐步建立各种数据库及分析体系肿瘤生物信息学网站:http://bioinfor.cicams.ac.cn张新宇中心试验室生物信息学联络地址：科研楼520房间联络电话：67781331-8665Email:[e-mail]网址：http://bioinfor.cicams.ac.cnThanks!