一种基于NGS方法检测人类BRCA1和BRCA2基因突变的引物组合物及其试剂.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN113604565A(43)申请公布日2021.11.05(21)申请号202110723978.0(22)申请日2021.06.29(71)申请人上海真固生物科技有限公司地址200233上海市徐汇区桂平路333号4号楼203室(72)发明人宋钢王朝晖王强(74)专利代理机构上海邦德专利代理事务所(普通合伙)31312代理人袁步兰(51)Int.Cl.C12Q1/6886(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书7页序列表88页附图1页(54)发明名称一种基于NGS方法检测人类BRCA1和BRCA2基因突变的引物组合物及其试剂(57)摘要本发明公开了一种基于NGS方法检测人类BRCA1和BRCA2基因突变的引物组合物，包括：263对的第一组引物，20对的第二组引物；每对第一组引物或第二组引物均包括正向引物序列与反向引物序列，且所述第一组引物的正向引物序列与反向引物序列均包括可特异性扩增BRCA1/BRCA2基因外显子、内含子或UTR区域的序列，所述第二组引物的正向引物序列与反向引物序列均包括可特异性扩增人类基因组特定参考序列。根据本发明，可有效地检测BRCA1/BRCA2基因的致病点突变、短缺失/插入以及拷贝数变异，既可以检测基因组DNA样本，又可以检测肿瘤FFPE样本，可满足对于卵巢癌、乳腺癌的遗传风险评估，以及PARPi抑制剂用药指导，预后评估等目的，整体流程简单高效，具有良好的前景。CN113604565ACN113604565A权利要求书1/1页1.一种基于NGS方法检测人类BRCA1和BRCA2基因突变的引物组合物，其特征在于，包括：263对的第一组引物；每对第一组引物包括正向引物序列与反向引物序列，且所述正向引物序列与反向引物序列均包括可特异性扩增BRCA1/BRCA2基因外显子、内含子或UTR区域的序列；所述可特异性扩增BRCA1/BRCA2基因外显子、内含子或UTR区域序列包括SEQIDNO.1～526所示的序列，优选的，为其中20‑25个碱基。2.如权利要求1所述的一种基于NGS方法检测人类BRCA1和BRCA2基因突变的引物组合物，其特征在于，还包括20对的第二组引物，且所述第二组引物中每对引物均包括正向引物与反向引物，所述正向引物与反向引物均包括可特异性扩增人类基因组中特定的参考区域的序列，所述可特异性扩增人类基因组特定参考区域的序列包括SEQIDNO.527～566所示的序列，优选的，为其中20‑25个碱基。3.如权利要求1‑2所述的一种基于NGS方法检测人类BRCA1和BRCA2基因突变的引物组合物，其特征在于，所述第一组引物、第二组引物正向引物均包括SEQIDNO.567所示的序列，优选的，为其中16‑25个碱基。4.如权利要求1‑2所述的一种基于NGS方法检测人类BRCA1和BRCA2基因突变的引物组合物，其特征在于，所述第一组引物、第二组引物的反向引物均包括SEQIDNO.568所示的序列，优选的，为其中16‑25个碱基。5.一种用于BRCA1和BRCA2基因检测的试剂，其特征在于，包括权利要求1‑4所述第一组引物、第二组引物。6.如权利要求5所述的一种用于BRCA1和BRCA2基因检测的试剂，其特征在于，还包括三对接头，所述三对接头分别对应Illumina、IonTorrent、MGI三种测序平台，且所述三对接头包括与权利要求3、4中所述的序列配对的DNA片段。7.如权利要求5‑6所述的一种用于BRCA1和BRCA2基因检测的试剂，其特征在于，所述试剂用于来自新鲜或冰冻组织、全血、唾液或FFPE的DNA样本的分子检测。8.如权利要求5‑6所述的一种用于BRCA1和BRCA2基因检测的试剂，其特征在于，所述试剂用于基于NGS方法的BRCA1和BRCA2基因的检测。2CN113604565A说明书1/7页一种基于NGS方法检测人类BRCA1和BRCA2基因突变的引物组合物及其试剂技术领域[0001]本发明涉及基因组合物的技术领域，特别涉及一种基于NGS方法检测人类BRCA1和BRCA2基因突变的引物组合物及其试剂。背景技术[0002]根据2018年全球癌症统计报告显示，全球女性乳腺癌新发病例占总体的11.6％，与肺癌并列第一。乳腺癌是女性最常见的癌症(发病率为24.2％)，乳腺癌死亡率为15.0％，发病率和死亡率均居于女性发病和死亡的首位。卵巢癌发病率占比3.4％，死亡率占比为4.4％，其发病率和死亡率位于女性发病率和死亡率的第八位。[0003]研究表明，约15％的乳腺癌和卵巢癌患者携带胚系(germline，即来自父母生殖细胞先天遗传)的BRCA1和