一种基于NGS方法检测肺癌突变基因的探针组合物及试剂盒.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN110791500A(43)申请公布日2020.02.14(21)申请号201911168622.4(22)申请日2019.11.25(71)申请人基恩生物科技（大连）有限公司地址116000辽宁省大连市高新技术产业园区七贤岭火炬路43号1楼3号(72)发明人丁岩(74)专利代理机构大连至诚专利代理事务所(特殊普通合伙)21242代理人涂文诗董彬(51)Int.Cl.C12N15/11(2006.01)C12Q1/6827(2018.01)C12Q1/6886(2018.01)权利要求书1页说明书8页序列表14页(54)发明名称一种基于NGS方法检测肺癌突变基因的探针组合物及试剂盒(57)摘要本发明公开了一种基于NGS方法检测肺癌基因突变的探针组合物及试剂盒。所述探针组合物选自核酸序列如SEQIDNO1～75所示的探针中的至少一种，其试剂盒适用于FFPE、组织及外周血ctDNA的基于NGS方法的肺癌基因突变检测，进而实现肺癌突变基因早筛和实时监测复发等目的。本发明独特设计的UMI双分子标签可以有效降低背景噪音，杜绝痕迹污染，去除假阳性，保证结果的准确性，使ctDNA检测中灵敏度达到0.1％。在组织检测中使用通用Short-Y接头，其检测灵敏度可达到2％。给患者精准靶向治疗提供了更多的可能性。组织样本与血浆样本建库工作流程相似，保证流程的简便性，省时高效，易操作。CN110791500ACN110791500A权利要求书1/1页1.一种探针组合物，其特征在于：选自核酸序列如SEQIDNO.1～75所示的探针中的至少一种。2.一种用于肺癌基因检测的试剂盒，其特征在于：包括权利要求1所述的探针组合物。3.权利要求2所述的试剂盒，其特征在于：还包括接头，所述接头为具有UMI双分子标签的接头或Short-Y接头；其中，所述具有UMI双分子标签的接头为在基于Illumina通用接头的基础上添加6-8个碱基序列随机组成。4.权利要求2或3所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒适用于FFPE、组织及外周血ctDNA的分子检测。5.权利要求2或3所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒用于基于NGS方法肺癌基因检测。2CN110791500A说明书1/8页一种基于NGS方法检测肺癌突变基因的探针组合物及试剂盒技术领域[0001]本发明涉及一种肺癌突变基因检测组合物，尤其涉及一组探针组合物以及基于NGS方法检测肺癌基因的试剂盒。背景技术[0002]在临床肿瘤基因检测中NGS具有显著优势。二代测序可以同时检测到常见、罕见突变、基因融合、基因扩增等基因不同突变，指导靶向用药、揭示耐药机制。同时，基于NGS的液体活检技术可实现动态监测，更早提示肿瘤复发和转移。[0003]血液中游离的DNA为cfDNA(CellfreeDNA)，凋亡的细胞或已脱落的癌细胞体细胞DNA就被称作ctDNA。ctDNA具有与原发癌细胞DNA相同的基因突变或特点。这使ctDNA具有极高的特异性，可作为高灵敏的生物标记物。由于组织活检技术有许多限制因素。因此ctDNA在肿瘤领域中需求更加迫切，如辅助诊断、评估治疗疗效和揭示耐药机制到向肿瘤的复发监测及早筛。为肿瘤患者的诊断治疗起到了重要作用。[0004]目前国内CFDA批准试剂盒全部为针对FFPE样本，用以检测组织中小Panle基因突变，而同时针对液态活检以及新鲜组合和FFPE组织的试剂盒，以及满足肺癌早筛要求的试剂盒目前市场中处于空缺状态。因此，如何能同时满足多类型样本的检测，即做到一盒多检，并且实现肺癌早期检测，是目前肺癌基因检测试剂盒所面临的挑战。发明内容[0005]本发明的一个目的在于提供一种探针组合物，用于肺癌病人精准治疗的分子诊断技术，支持组织检测和ctDNA液态活检，同时结合超高测序深度，可保证检测的灵敏度和结果准确性。本试剂盒中UMI双分子标签，能够有效去除背景噪音，杜绝痕量污染，使ctDNA检测中灵敏度达到0.1％，真正填补了国内市场中液态活检的空白。[0006]本发明所述的探针组合物，是选自核酸序列如SEQIDNO1～75所示的探针中的至少一种，进一步优选为，选自核酸序列如SEQIDNO1～75所示的探针中的n种，其中n为2、3、4、5……～75的整数。本发明所述的探针组合物所针对的肺癌基因，覆盖多种可能的突变类型，包括点突变(SNPs)，插入和缺失(Indels)，基因扩增(CNV)，基因融合(Fusion)。[0007]本发明的另一个目的在于提供一种试剂盒，包括上文所述的探针组合物。[0008]优选地，上文所述的试剂盒，包括上述的探针序列为SEQIDNO.1～NO75所示的探针组合物，还包括接头；所述接头为具有UMI双分子标签接头或sh