用于分析核酸扩增反应的分析方法和系统.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN113707219A(43)申请公布日2021.11.26(21)申请号202110832650.2(22)申请日2015.08.26(30)优先权数据14182415.12014.08.27EP(62)分案原申请数据201510531061.52015.08.26(71)申请人霍夫曼-拉罗奇有限公司地址瑞士巴塞尔(72)发明人R.诺贝尔(74)专利代理机构北京坤瑞律师事务所11494代理人岑晓东(51)Int.Cl.G16B20/20(2019.01)G16B30/00(2019.01)权利要求书4页说明书10页附图11页(54)发明名称用于分析核酸扩增反应的分析方法和系统(57)摘要本发明涉及用于分析核酸扩增反应的分析方法和系统。本发明涉及一种以在较宽范围的分析物浓度里改善通过实时核酸扩增反应RNR(诸如聚合酶链式反应PCR)量化的线性(精确性和/或准确性)和/或限制存在干扰性物质的效应为目的的分析方法，其通过以与增长曲线与包含至少两个不同阈值水平的在RNR循环范围里的组合阈值函数(CTF)的交叉对应的循环数目测定RNR的量化循环数目(Cq)进行，所述量化循环数目(Cq)指示增长曲线的定量和/或定性分析结果，所述增长曲线指示RNR循环范围里对于RNR的每个扩增反应循环，分析物的荧光发射强度。CN113707219ACN113707219A权利要求书1/4页1.一种用于实时核酸扩增反应RNR的分析方法，该方法包括：‑对所述RNR的每个扩增反应循环获得分析物的荧光发射强度；‑创建增长曲线(200)，所述增长曲线(200)指示RNR循环范围里的荧光发射强度；‑计算所述RNR循环范围里的组合阈值函数(CTF)，所述组合阈值函数(CTF)包含至少两个不同阈值水平，其中所述组合阈值函数(CTF)依赖于所述RNR的循环数目，所述组合阈值函数(CTF)从初始阈值水平(y1)转变成最终阈值水平(y2)，所述初始阈值水平(y1)不同于所述最终阈值水平(y2)，所述初始阈值水平(y1)是B+r·I，其中B是基线函数，所述基线是显示无信号增大的增长曲线的初始部分，r是正百分比参数，且I是截取外推至循环数目0，所述最终阈值水平(y2)是y(x)＝B+p·G＝B+p·(S‑B)，其中B是基线函数，S是增长曲线的饱和线，G是从基线至饱和线的增长，且p是介于0％和100％之间的参数，其中所述初始阈值水平(y1)高于所述最终阈值水平(y2)，其中所述组合阈值函数选自包含下述的三种函数的组：i.具有从初始阈值水平(y1)至最终阈值水平(y2)的线性转变的CTF，其依照其中，x1是等于0或1的早期反应循环数目，x2是大于30的后期反应循环数目，y1是初始阈值水平，y2是最终阈值水平；ii.具有从初始阈值水平(y1)至最终阈值水平(y2)的多项式转变的CTF，其依照其中，p是固定多项式阶，其中p对于二次多项式函数是2；iii.具有从初始阈值水平(y1)至最终阈值水平(y2)的指数转变的CTF，其依照及‑测定所述RNR的量化循环数目(Cq)，所述量化循环数目(Cq)指示增长曲线(200)的定量和/或定性分析结果为与所述增长曲线(200)与所述组合阈值函数(CTF)的交叉对应的循环数目。2.根据权利要求1的分析方法，其中：‑所述初始阈值水平(y1)包含至少一个对于所述RNR的早期反应循环适当的方法；和/或‑所述最终阈值水平(y2)包含至少一个对于所述RNR的后期反应循环适当的方法。3.根据权利要求1或2的分析方法，其中：‑所述初始阈值水平(y1)具有起始点(T1)，所述起始点(T1)具有的y‑坐标高于所述最终阈值水平(y2)的终点(T2)的y‑坐标，产生减少的组合阈值函数(CTF)。4.根据权利要求1‑3中任一项的分析方法，其中所述组合包含至少一个对于所述RNR的早期反应循环适当的阈值水平和至少一个对于所述RNR的后期反应循环适当的阈值水平。5.根据权利要求1‑4中任一项的分析方法，其中所述实时核酸扩增反应RNR是实时聚合酶链式反应PCR。2CN113707219A权利要求书2/4页6.一种用于分析分析物的实时核酸扩增反应RNR的系统，所述系统包含：‑检测系统(130)，其配置为对所述RNR的每个扩增反应循环获得分析物的荧光发射强度；‑处理单元(145)，其配置为：·创建增长曲线(200)，所述增长曲线(200)指示RNR的反应循环范围里的荧光发射强度；·提供所述RNR循环范围里的组合阈值函数(CTF)，所述组合阈值函数(CTF)包含至少两个不同阈值水平，其中所述组合阈值函数(CTF)依赖于所述RNR的循环数目，所述组合阈值函数(CTF)从初始阈值水平(y1)转变成最终阈值水平(y2)，所