一种用于检测骨肿瘤诊断相关基因的探针库及试剂盒.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115976212A(43)申请公布日2023.04.18(21)申请号202211651458.4(22)申请日2022.12.21(71)申请人四川大学华西医院地址610041四川省成都市武侯区国学巷37号(72)发明人屠重棋张文庚(74)专利代理机构深圳鼎合诚知识产权代理有限公司44281专利代理师周建军彭家恩(51)Int.Cl.C12Q1/6886(2018.01)C12Q1/6806(2018.01)C12Q1/6869(2018.01)C40B50/06(2006.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书47页序列表（电子公布）(54)发明名称一种用于检测骨肿瘤诊断相关基因的探针库及试剂盒(57)摘要一种用于检测骨肿瘤诊断相关基因的探针库及试剂盒，所述探针库中的探针捕获的目标区域位于如下基因中的至少一种：H3F3A、H3F3B、IDH1、IDH2、EWSR1、FLI1、USP6、FUS、MDM2、NR4A3、NCOA2、SMARCB1。本发明设计的探针全面覆盖了骨肿瘤相关的全部证据等级较高的基因，并且可同时实现短突变、基因拷贝数变异和基因融合各种突变类型的检测，可诊断的肿瘤类型较多，覆盖的突变类型较为全面。CN115976212ACN115976212A权利要求书1/1页1.一种探针库，其特征在于，所述探针库中的探针捕获的目标区域位于如下基因中的至少一种：H3F3A、H3F3B、IDH1、IDH2、EWSR1、FLI1、USP6、FUS、MDM2、NR4A3、NCOA2、SMARCB1。2.如权利要求1所述的探针库，其特征在于，所述探针库用于检测如下突变类型中的至少一种：短突变、基因拷贝数变异、基因融合。3.如权利要求1所述的探针库，其特征在于，所述探针库中的探针捕获的目标区域所在的基因以及突变类型包括如下基因及其突变类型中的至少一种：基因突变类型H3F3A热点突变H3F3B热点突变IDH1突变IDH2突变EWSR1融合FLI1融合USP6融合FUS融合MDM2扩增NR4A3融合NCOA2融合SMARCB1缺失。4.如权利要求1所述的探针库，其特征在于，所述探针库包含SEQIDNo.1～753所示核苷酸序列中的至少一种。5.如权利要求1所述的探针库，其特征在于，所述探针库包含SEQIDNo.1～753所示核苷酸序列所构成的组中的至少一种。6.如权利要求1所述的探针库，其特征在于，所述探针库包含SEQIDNo.1～753所示核苷酸序列所构成的组中的全部。7.一种试剂盒，其特征在于，包含如权利要求1～6任意一项所述的探针库。8.一种杂交捕获方法，其特征在于，包括使用如权利要求1～6任意一项所述的探针库，对预处理的核酸样本进行杂交捕获，获得杂交捕获产物。9.如权利要求8所述的杂交捕获方法，其特征在于，所述核酸样本包括由DNA建库得到的样本或由RNA建库的得到的样本。10.一种检测方法，其特征在于，包括对权利要求8或9所述的杂交捕获方法获得杂交捕获产物进行测序，获得检测结果。2CN115976212A说明书1/47页一种用于检测骨肿瘤诊断相关基因的探针库及试剂盒技术领域[0001]本发明涉及基因检测领域，具体而言，本发明涉及一种用于检测骨肿瘤诊断相关基因的探针库及试剂盒。背景技术[0002]原发性骨癌是一种极为罕见的肿瘤，约占所有癌症的0.2％。在成年人中，软骨肉瘤是最常见的原发性骨癌，占40％，其次是骨肉瘤(28％)、脊索瘤(10％)、尤因肉瘤(8％)，最后是未分化多形性肉瘤(UPS)/纤维肉瘤(4％)。在儿童和青少年中，骨肉瘤和尤因肉瘤(亦称尤文肉瘤，Ewing’ssarcoma，简称ES)远比软骨肉瘤和脊索瘤常见。骨未分化高级别多形性肉瘤、纤维肉瘤和骨巨细胞瘤(GCTB)是相对罕见的肿瘤，每种肿瘤占原发性骨肿瘤的比例都不到5％。骨巨细胞瘤既有良性肿瘤也有恶性肿瘤，其中良性是最常见的亚型。软骨肉瘤通常发生于中老年人。骨肉瘤和尤因肉瘤主要发生在儿童和年轻人。脊索瘤在男性中更常见，发病率在五至六十岁时达到高峰。[0003]骨肿瘤的病理诊断目前仍基于传统的形态学观察，辅以免疫组织化学(immunohistochemistry，IHC)标记。近年来，广泛开展的荧光原位杂交(fluorescenceinsituhybridization，FISH)和基因突变检测(一代测序)为骨肿瘤的病理诊断提供了极大帮助，部分通过细胞和分子遗传学研究发现的基因变异也已成为广泛应用的分子诊断指标，如采用FISH检测尤因肉瘤中的EWSR1基因易位；采用一代测序检测骨巨细胞瘤中的H3F3A基因突变等。[0004]传统基因检测方法因实用性高和单次检测成本较低而广泛应