一种猪肌内脂肪SNP分子标记及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN114107520A(43)申请公布日2022.03.01(21)申请号202111527912.0(22)申请日2021.12.14(71)申请人华中农业大学地址430000湖北省武汉市洪山区狮子山街1号(72)发明人曹建华刘茹赵书红余梅(74)专利代理机构北京金智普华知识产权代理有限公司11401代理人张晓博(51)Int.Cl.C12Q1/6888(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书5页序列表1页附图2页(54)发明名称一种猪肌内脂肪SNP分子标记及其应用(57)摘要本申请公开了一种与猪肌内脂肪含量相关的SNP分子标记及其应用。该SNP分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，其序列中第101位的核苷酸是C或T，导致肌内脂肪含量呈现多态性。本申请还以此建立了一种高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于种猪提高肌内脂肪含量的遗传改良中，从而提高后代猪的肉质品质。CN114107520ACN114107520A权利要求书1/1页1.一种与猪肌内脂肪含量相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，其序列中第101位的核苷酸是C或T，导致肌内脂肪含量呈现多态性。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的位点为国际猪参考基因组11.1版本16号染色体的第59747430核酸位点，该位点的碱基是C或T。3.一种用于检测如权利要求1或2所述的SNP分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对的核苷酸序列如SEQIDNO.2和SEQIDNO.3所示。4.一种检测如权利要求1或2所述的SNP分子标记的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：(1)提取待测猪的基因组DNA；(2)将所述待测猪的基因组DNA进行PCR扩增，以便获得PCR扩增产物；(3)对所述PCR扩增产物进行测序，以便获得测序结果；(4)基于所述测序结果，判读猪SEQIDNO.1所示序列中第101位的核苷酸位点的多态性。5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，步骤(2)中，PCR扩增使用的引物对具有如SEQIDNO.2和SEQIDNO.3所示的核苷酸序列。6.一种选育高肌内脂肪含量猪品系的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：检测猪的国际猪参考基因组11.1版本猪16号染色体上59747430个核苷酸位点的基因型，选择第59747430个核苷酸位点的CC型个体作为种猪，或者检测猪SEQIDNO.1所示序列中第101位的核苷酸是C的个体作为种猪。7.与大白猪肌内脂肪含量相关联的SNP位点在筛选肉色红度值高的猪品系中的应用，所述SNP位点为为国际猪基因组11.1版本参考序列猪16号染色体59747430核苷酸位点，且具有C/T多态性。2CN114107520A说明书1/5页一种猪肌内脂肪SNP分子标记及其应用技术领域[0001]本申请涉及猪肌内脂肪分子标记技术领域，尤其涉及一种猪肌内脂肪SNP分子标记及其应用。背景技术[0002]普遍认为，肌内脂肪(IMF)含量对猪肉的感官有积极作用，肌内脂肪含量低会导致猪肉口感不佳(Alfaiaetal.,2019；Wonetal.,2018)。脂肪细胞主要聚集在皮下、肌间、内脏和肠系膜结缔组织内，也有一些分散在肌束之间和肌束内。位于皮下、内脏和肠系膜的脂肪商业价值低，而肌内脂肪或称为大理石状脂肪的数量和分布对于提高肉的风味和美味性是非常理想的。肌内脂肪的含量主要由肌内脂肪细胞的数量和大小决定，其中肌内脂肪细胞的形成为后期的大理石纹脂肪沉积提供了场所(Lietal.,2020)。[0003]利用微卫星标记技术检测猪肌内脂肪相关的数量性状基因座(QTL)(Quintanillaetal.,2011)是一种分子学检测猪IMF的方法。随着高通量单核苷酸多态性(SNP)基因分型方法的发展，猪特异性高密度基因分型芯片已成为可能(Wangetal.,2019)。IlluminaPorcineSNP60BeadChip的可用性通过高密度基因分型标记改进了复杂性状的遗传分析。使用全基因组关联研究(GWAS)为猪重要复杂表型提供了关键位置候选基因(etal.,2013；Davolietal.,2016)。对于种畜来说，利用与性状相关的分子标记进行选育，可以提高肉质性状的早期选择，极大地降低育种成本。[0004]李娜等(国农业大学动物科学技术学院2016年博士录完)使用高密度芯片检测大白猪x民猪F2资源群体，全基因组关联分析发现位于12号染色体30个SNP与肌内脂肪显著相关。综合这些研究结果可见，基于不同猪种筛选的肌内脂肪SNPs有