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本发明提供了一组与茄子花数量紧密连锁的SNP分子标记及其应用,本发明对茄子花数量调控基因进行QTL定位,并筛选到与花数量调控基因紧密连锁的分子标记位点,为1号染色体第95482695和第95503318SNP位点,两标记间的物理距离为20.6Kb。通过两个分子标记可以预测茄子花数量,为茄子高产品种选育种的早期鉴定和筛选提供分子辅助选择技术支持,同时大大缩短了传统基因定位时间、减少育种工作量和提高育种效率。