一种与猪体长相关的SNP分子标记及其扩增引物和应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN116004843A(43)申请公布日2023.04.25(21)申请号202210991808.5(22)申请日2022.08.17(71)申请人三亚中国农业大学研究院地址572025海南省三亚市崖州区创意用友产业园8号楼(72)发明人方美英雒亚彪薛明明汤启国何帅涵许桥杨晓阳(74)专利代理机构北京集佳知识产权代理有限公司11227专利代理师王欢(51)Int.Cl.C12Q1/6888(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书7页序列表（电子公布）附图3页(54)发明名称一种与猪体长相关的SNP分子标记及其扩增引物和应用(57)摘要本发明公开了一种与猪体长相关的SNP分子标记及其扩增引物和应用。该分子标记位于猪HHEX基因的5’UTR区前的启动子区第‑416位碱基和‑288位碱基(以ATG前的第一个碱基为‑1)，分别存在C‑T突变和G‑A突变，且完全连锁。本发明首次发掘了猪HHEX基因中的一对完全连锁SNP分子标记与猪的体长性状相关，因此可用于猪标记辅助选择育种，即提供了猪HHEX基因中一对完全连锁SNP分子标记在猪体长性状的标记辅助育种的新用途，实现了对猪体长性状的早期筛选，筛选方法简单快速。CN116004843ACN116004843A权利要求书1/1页1.一种与猪体长相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记包括SNP1位点和/或SNP2位点；所述SNP1位点为位于猪HHEX基因启动子区的第‑416位碱基处的C/T突变；所述SNP2为位于猪HHEX基因启动子区的第‑288位碱基处的G/A突变；其中，以ATG前的第一个碱基为第‑1位。2.扩增权利要求1所述的SNP分子标记的引物。3.根据权利要求2所述的引物，其特征在于，包括：核苷酸序列如SEQIDNO1～2所示的上、下游引物，或核苷酸序列如SEQIDNO3～4所示的上、下游引物。4.一种鉴定猪体长的试剂盒，其特征在于，包括SEQIDNO1～2所示的上、下游引物，以及EagI内切酶。5.一种鉴定猪体长的试剂盒，其特征在于，包括SEQIDNO2～3所示的上、下游引物。6.权利要求1所述的SNP分子标记，权利要求2或3所述的引物，或权利要求4或5所述的试剂盒，在选育长体长猪种中的应用；当SNP1位点和SNP2位点的基因型分别为CC和GG，或分别为CT和GA时，待测猪为中短体长个体；当SNP1位点和SNP2位点的基因型分别为TT和AA时，待测猪为长体长个体。7.一种利用权利要求1所述的SNP分子标记鉴定猪体长的方法，其特征在于，包括以下步骤：利用SEQIDNO.1‑2所示的上下游引物对待测猪基因组DNA进行PCR扩增；用EagI内切酶对PCR产物进行酶切，根据酶切结果确定SNP1位点和SNP2位点的基因型，进而判定猪的体长；所述确定SNP1位点和SNP2位点的基因型，判定猪的体长的方法为：若酶切产物为165bp，则SNP1位点和SNP2位点的基因型分别为TT和AA，待测猪为长体长个体；若酶切产物为108bp和57bp，则SNP1位点和SNP2位点的基因型分别为CC和GG；若酶切产物为165bp、108bp和57bp，则SNP1位点和SNP2位点的基因型分别为CT和GA；若基因型为CC和GG、或为CT和GA，则待测猪为中短体长个体。8.一种利用权利要求1所述的SNP分子标记鉴定猪体长的方法，其特征在于，包括以下步骤：利用SEQIDNO.3‑4所示的上下游引物对待测猪基因组DNA进行PCR扩增，检测SNP1位点和SNP2位点的基因型；当SNP1位点和SNP2位点的基因型分别为CC和GG时，待测猪为中短体长个体；当SNP1位点和SNP2位点的基因型分别为TT和AA时，待测猪为长体长个体。9.一种猪品种改良育种的方法，其特征在于，利用权利要求7或8所述的方法对待测猪品种的体长进行鉴定，以长体长个体为亲本进行育种。2CN116004843A说明书1/7页一种与猪体长相关的SNP分子标记及其扩增引物和应用技术领域[0001]本发明涉及分子标记技术领域，尤其涉及一种与猪体长相关的SNP分子标记及其扩增引物和应用。背景技术[0002]我国是世界第一大猪生产和消费大国，猪肉在我国肉类消费中占比长期保持60％以上。体长性状是物种进化过程中最重要的数量性状之一，其在物种间以及物种内不同品种间均存在较大差异。已有研究表明体长性状遗传力为0.29‑0.55，是中等以上遗传力性状，生物体的生长发育、健康以及疾病等正相关，是一个受多因素作用的综合复杂性状。在农用经济动物中，体长性状与动物的产肉量息息相关，因此一直是家畜养殖业的重要改良性状之一。研发出快速、简便、