一种与猪初生重相关的SNP分子标记及其应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115948570A(43)申请公布日2023.04.11(21)申请号202211308970.9(22)申请日2022.10.25(71)申请人华南农业大学地址510642广东省广州市天河区五山路483号(72)发明人吴珍芳杨杰吴杰丁荣荣郑恩琴蔡更元李紫聪庄站伟周身娉阮栋林(74)专利代理机构广东广信君达律师事务所44329专利代理师余胜茂(51)Int.Cl.C12Q1/6888(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书7页序列表（电子公布）附图1页(54)发明名称一种与猪初生重相关的SNP分子标记及其应用(57)摘要本发明涉及一种与猪初生重相关的SNP分子标记及其应用，属于分子生物技术和分子标记技术领域，SNP分子标记与位于猪2号染色体上的SLC22A11基因多态位点高度连锁，SNP位点对应国际猪基因组11.1版本参考序列2号染色体上第7619832位C>CCT突变，该位点为GWAS结果中最显著SNP位点，与SLC22A11基因内的31个SNP位点存在强连锁关系，且这31个SNP的P值均达到显著水平，确定SLC22A11为影响仔猪初生重的潜在主效基因。本发明通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，提高种猪初生重，提高育种收益，加快猪繁殖性状的育种进展从而有效提高种猪育种的经济效益。CN115948570ACN115948570A权利要求书1/1页1.一种与猪初生重相关的主效基因，其特征在于：所述主效基因为下述序列a）～b）之一：a）位于猪2号染色体上的SLC22A11基因，其对应于国际猪基因组11.1版本的参考序列第2号染色体上第7,590,391bp至7,603,116bp位核苷酸；b）在a）所示的SLC22A11基因的DNA序列与其下游16,716bp长度组成的序列，其对应于国际猪基因组11.1版本的参考序列第2号染色体上第7,590,391bp至7,619,832bp位核苷酸。2.如权利要求1所述的主效基因在种猪初生重性状遗传改良中的应用。3.一种与猪初生重相关的SNP分子标记，其特征在于：SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列2号染色体上第7619832位C>CCT突变；所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO:1所示，SNP位点为SEQIDNO:1中第190位的C190‑CCT190的核苷酸突变，导致猪初生重的差异。4.如权利要求3所述的SNP分子标记在制备鉴定猪初生重性状的产品以及猪遗传育种中的应用。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于：所述的猪为杜洛克猪及其合成系。6.一种鉴定权利要求3所述SNP分子标记的引物对，其特征在于：所述引物对包含引物P001‑F和引物P002‑R，核苷酸序列分别如下所示：P001‑F：5’‑TGCCCTCTGTTTCTACATCTGCTTG‑3’，P002‑R：5’‑CTCATCCTCCTGGTCCTCATCCTG‑3’。7.一种试剂盒，包含权利要求6所述的引物对。8.权利要求6所述的引物对或权利要求7所述的试剂盒在如下任意一种中的应用：a）制备鉴定猪初生重的产品；b）猪分子标记辅助育种；c）制备提高猪初生重的产品。9.一种鉴定与猪初生重相关的SNP分子标记基因型的方法，其特征在于：包含如下步骤：（1）提取待测猪的基因组DNA；（2）采用权利要求6所述的引物对对步骤（1）获得的基因组DNA进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；（3）对步骤（2）获得的PCR扩增产物进行测序，以便获得测序结果；（4）基于所述测序结果，确定待测猪的位于猪2号染色体上与SLC22A11基因多态位点高度连锁且影响猪初生重的SNP分子标记的基因型；所述的猪为杜洛克猪及其合成系。10.一种猪的遗传改良的方法，其特征在于：包含如下步骤：确定种猪核心群中的种猪的如SEQIDNO:1所示的与猪初生重相关的SNP分子标记，并根据所述SNP分子标记做出相应的选择：在所述种猪核心群中选择国际猪参考基因组11.1版本2号染色体上第7,619,832位点为CCT基因型的种猪个体，淘汰在第7619832位点为C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因CCT的频率，从而提高后代猪的初生重；所述的猪为杜洛克猪及其合成系。2CN115948570A说明书1/7页一种与猪初生重相关的SNP分子标记及其应用技术领域[0001]本发明属于分子生物技术和分子标记技术领域，涉及一种位于猪2号染色体上的SLC22A11基因多态位点及其在猪初生重性状遗传改良中的应用，具体涉及一种与猪初生重相关的SNP分子标记及其应用。背景技术[0002]仔猪的初生重（BirthWeig