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本发明属于猪分子标记技术领域,具体涉及一种与猪生长速度性状相关SNP分子标记及其应用。通过整合NCBI数据库和欧洲生物信息研究所公开的58个品种的469头猪的重测序数据,猪参考基因组序列获得基因分型数据,联合分析GWAS信号与增强子?启动子三维互作网络,筛选得到一种与猪生长速度性状相关的分子标记,该标记的核苷酸序列如SEQIDNO:1和2所示,在该序列的第51位碱基处存在一个T/C的等位基因突变,TT基因型是猪生长速度性状的有利标记。