与猪多个经济性状相关的SNP分子标记及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN107815498A(43)申请公布日2018.03.20(21)申请号201711123201.0(22)申请日2017.11.14(71)申请人中国农业大学地址100193北京市海淀区圆明园西路2号(72)发明人胡晓湘郭晓莉谈成吴珍芳刘德武李宁(74)专利代理机构北京路浩知识产权代理有限公司11002代理人王文君陈征(51)Int.Cl.C12Q1/6888(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书5页序列表1页附图3页(54)发明名称与猪多个经济性状相关的SNP分子标记及其应用(57)摘要本发明提供一个与猪多个经济性状相关的SNP分子标记及其应用。通过优化的GBS技术对3702头具有重要经济性能记录的杜洛克猪群体进行GWAS研究，分析得到一个影响猪100kg体重背膘厚、100kg体重眼肌面积和100kg体重瘦肉率的SNP(chr7：35150544)位点，对这个位点在中国地方猪种及商品猪种中进行SNP频率分析，发现商品猪中T为优势等位基因，地方猪中G为优势等位基因。商品猪比地方猪增重快、瘦肉率高，说明该SNP位点可作为分子标记用于选育优良猪种，在瘦肉率低的群体中，通过选择该位点等位基因T的个体，可以提高育种群体的瘦肉率。CN107815498ACN107815498A权利要求书1/1页1.一种与猪多个经济性状相关的SNP分子标记，其特征在于，该SNP分子标记位于基因组版本EnsemblSscrofa10.2的chr7：35150544，该分子标记的多态性为T和G；所述经济性状为背膘厚、眼肌面积和瘦肉率。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，商品猪中T为优势等位基因，地方猪中G为优势等位基因。3.根据权利要求1或2所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于SEQIDNO.1所示的核苷酸序列中第101位碱基。4.权利要求1～3任一项所述的SNP分子标记在猪的标记辅助选择育种中的应用。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，包括以下步骤：(1)检测样品猪在所述SNP位点的基因型；(2)选择具有优势等位基因基因型的样品猪进行优势品系的选育。6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，选择基因型为T/T的猪种进行选育。7.根据权利要求4～6任一项所述的应用，其特征在于，所述步骤(1)可采用直接测序，或先扩增含所述SNP分子标记的片段再检测的方式进行。8.根据权利要求5～6任一项所述的应用，其特征在于，所述优势品系表现为低背膘厚、眼肌面积大和瘦肉率高。9.用于扩增含权利要求1所述SNP分子标记的引物对，其特征在于，用于从SEQIDNO.1所示的序列中扩增到含有所述SNP分子标记的片段。10.权利要求1～3任一项所述的SNP分子标记在选择背膘厚低、眼肌面积大、瘦肉率高的猪种中的应用。2CN107815498A说明书1/5页与猪多个经济性状相关的SNP分子标记及其应用技术领域[0001]本发明涉及分子遗传学领域，特别是涉及与猪多个经济性状相关的分子标记，具体地，涉及与猪100公斤体重背膘厚、眼肌面积、瘦肉率相关的SNP分子标记、其应用以及该分子标记在育种中的应用。背景技术[0002]我国是一个养猪大国，猪肉产量和质量的市场需求日益增加，提高猪肉产量、改善猪肉胴体质量，成为育种科学家长期以来不断探索的工作。早期的育种工作主要集中于猪的表型选择，随着基因组工作的不断推进和遗传标记的广泛开发，分子选择正逐渐成为可靠而有效的选择方法。[0003]单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)标记是第三代分子标记，是指在基因组DNA序列上有单个碱基的突变而产生的一种多态性，这种突变包括单碱基的颠换、转换、插入和缺失。SNP具有量大、高频率、低突变率等优点，广泛应用于基因组分析、生物信息自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究、畜牧育种标记及全球种族遗传学等研究。分子标记辅助选择育种，是在分子水平上对目标性状进行选择，可以不受环境影响，通过遗传背景选择，减少连锁累赘，从而加速育种过程及精准度。[0004]全基因组关联分析(Genome-wideassociationstudies，GWAS)是畜禽经济性状遗传改良和机理解析的重要方法。随着二代测序技术的发展，全基因组重测序和简化基因组测序技术成为高通量SNP分型的有力工具，GBS(Genotyping-by-sequencing)是简化基因组测序的经典代表，是一种高效的全基因组SNP分型方法，可以从群体中直接鉴定SNP并进行分型，能以较低的成本获得几万到几十万不等的SNP分型信息，已被广泛应用于动植物的分子标记开发、群体遗传分析、全