与猪多个重要经济性状相关的SNP分子标记及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN108300789A(43)申请公布日2018.07.20(21)申请号201711123829.0(22)申请日2017.11.14(71)申请人中国农业大学地址100193北京市海淀区圆明园西路2号(72)发明人胡晓湘谈成郭晓莉吴珍芳刘德武李宁(74)专利代理机构北京路浩知识产权代理有限公司11002代理人王文君黄爽(51)Int.Cl.C12Q1/6888(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书5页序列表1页附图2页(54)发明名称与猪多个重要经济性状相关的SNP分子标记及其应用(57)摘要本发明提供一种与猪多个重要经济性状相关的SNP分子标记及其应用。通过优化的GBS技术对3702头具有重要经济性能记录的杜洛克猪群体进行GWAS研究，通过对GWAS结果的分析得到一个影响猪100kg体重背膘厚、30-100kg体重日增重、平均日采食量和平均日采食时间的SNP(chr1：176839493)位点，对这个位点在中国地方猪种及商品猪种中进行SNP频率分析，发现其SNP频率分布在地方猪种和商品猪种中存在显著差异，商品猪中C为优势等位基因，地方猪中T为优势等位基因。商品猪比地方猪种增重快、瘦肉率高，表明这个SNP位点可作为分子标记应用于优良猪种的选育。CN108300789ACN108300789A权利要求书1/1页1.与猪多个重要经济性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于猪1号染色体上，其核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，该序列第101位碱基为SNP位点，该处碱基为C的猪比该处碱基为T的猪增重快、瘦肉率高；其中，所述重要经济性状包括猪100kg体重背膘厚、30-100kg体重日增重、平均日采食量和平均日采食时间。2.权利要求1所述的SNP分子标记在猪的标记辅助选择育种中的应用。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，包括以下步骤：(1)检测样品猪在所述SNP位点的基因型；(2)选择具有优势等位基因基因型的样品猪进行优势品系的选育。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述优势等位基因的SNP位点处碱基为C。5.根据权利要求2～4任一项所述的应用，其特征在于，所述步骤(1)采用直接测序，或先扩增含所述SNP分子标记的DNA片段再检测的方式进行。6.用于扩增权利要求1所述SNP分子标记的引物对，其特征在于，用于从SEQIDNo.1所示的序列中扩增得到含有所述SNP分子标记的DNA片段。7.含有权利要求6所述引物对的检测试剂或试剂盒。8.权利要求1所述SNP分子标记、权利要求6所述引物对、或权利要求7所述检测试剂或试剂盒在鉴定或选育增重快、瘦肉率高的优良猪种中的应用。9.权利要求1所述SNP分子标记、权利要求6所述引物对、或权利要求7所述检测试剂或试剂盒在与猪多个重要经济性状相关的基因分型检测中的应用；其中，所述重要经济性状包括猪100kg体重背膘厚、30-100kg体重日增重、平均日采食量和平均日采食时间。10.权利要求1所述SNP分子标记、权利要求6所述引物对、或权利要求7所述检测试剂或试剂盒在猪全基因组SNP基因分型中的应用。2CN108300789A说明书1/5页与猪多个重要经济性状相关的SNP分子标记及其应用技术领域[0001]本发明涉及分子遗传学领域，具体地说，涉及一种与猪多个重要经济性状相关的SNP分子标记及其应用。背景技术[0002]我国是一个养猪大国，猪肉产量和质量的市场需求日益增加，提高猪肉产量、改善猪肉胴体质量，成为育种科学家长期以来不断探索的工作。早期的育种工作主要集中于猪的表型选择，随着基因组工作的不断推进和遗传标记的广泛开发，分子选择正逐渐成为可靠而有效的选择方法。[0003]单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)标记是第三代分子标记，是指在基因组DNA序列上有单个碱基的突变而产生的一种多态性，这种突变包括单碱基的颠换、转换、插入和缺失。SNP具有量大、高频率、低突变率等优点，广泛应用于基因组分析，生物信息自动化检测，简单和复杂疾病的遗传研究，畜牧育种标记及全球种族遗传学等研究。分子标记辅助选择育种，是在分子水平上对目标性状进行选择，可以不受环境影响，通过遗传背景选择，减少连锁累赘，从而加速育种过程及精准度。[0004]全基因组关联分析(Genome-wideassociationstudies，GWAS)是畜禽经济性状遗传改良和机理解析的重要方法。随着二代测序技术的发展，全基因组重测序和简化基因组测序技术成为高通量SNP分型的有力工具，GBS(Genotyping-by-sequencing)是简化基因组测序的经典代表，是