与母猪产畸形仔猪性状相关的SNP分子标记及其应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115478110A(43)申请公布日2022.12.16(21)申请号202210330050.0(22)申请日2022.03.28(71)申请人岭南现代农业科学与技术广东省实验室地址510640广东省广州市天河区五山路483号教学一区自编15号楼101房申请人华中农业大学(72)发明人赵书红董文君周游张赛仙宋徽楚金雨李新云马云龙(74)专利代理机构武汉宇晨专利事务所(普通合伙)42001专利代理师江丽丽(51)Int.Cl.C12Q1/6888(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书5页序列表3页附图1页(54)发明名称与母猪产畸形仔猪性状相关的SNP分子标记及其应用(57)摘要本发明属于猪分子标记技术领域，具体公开了与母猪产畸形仔猪性状相关的SNP分子标记及其应用。利用基因芯片技术进行基因分型，基于SNP分子标记进行全基因组关联分析，该分析筛选出4个与大白猪母猪产畸形仔猪性状相关的SNP分子标记位点。所述SNP分子标记位点分别位于母猪3号染色体的NCOA1基因片段和9号染色体的PRCP和DDIAS基因片段，可用于母猪产畸形仔猪性状的标记辅助选育。CN115478110ACN115478110A权利要求书1/1页1.SNP标记在母猪产畸形仔猪性状选择中的应用，其特征在于，包括如下SNP标记中的至少一种：含有SNP1标记的核苷酸序列如SEQIDNO.1和2所示，SNP1标记位于所述序列的第101位，多态性位点为A或C；含有SNP2标记的核苷酸序列如SEQIDNO.3和4所示，SNP2标记位于所述序列的第101位，多态性位点为G或A；含有SNP3标记的核苷酸序列如SEQIDNO.5和6所示，SNP3标记位于所述序列的第101位，多态性位点为T或A；含有SNP4标记的核苷酸序列如SEQIDNO.7和8所示，SNP4标记位于所述序列的第101位，多态性位点为A或G。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：SNP1标记的基因型为AC时，母猪拥有高的产畸形仔猪率；SNP2标记的基因型为GA时，母猪拥有高的产畸形仔猪率；SNP3标记的基因型为TA时，母猪拥有高的产畸形仔猪率；SNP4标记的基因型为AG时，母猪拥有高的产畸形仔猪率。3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述猪的品种为大白猪。2CN115478110A说明书1/5页与母猪产畸形仔猪性状相关的SNP分子标记及其应用技术领域[0001]本发明属于猪分子标记技术领域，具体涉及与母猪产畸形仔猪性状相关的SNP分子标记及应用。背景技术[0002]我国是世界上生猪养殖规模最大的国家，且国民对猪肉产品的消费量居世界第一，而猪的育种工作作为生猪养殖的源头性工作，育种工作取得有效进展即可对我国生猪总产量及其相关行业带来的巨大的经济效益(刘文涛和顾立伟，2016)。至2021年末，据统计我国能繁母猪存栏量达4329万头，年产胎次约为2.3胎，平均窝产仔数约为13头，仔猪畸形发生率为2.9％，我国每年将损失约3753.7万头仔猪(王明华，2022)。近年来随着育种工作的开展，我国地方猪的一些性状得到有效改良。采用常规的育种手段，对背膘厚、瘦肉率等具有中高等遗传力的生产性状的改良取得了较为显著的进展，而对于窝产活仔数、死胎数、畸形仔猪数等具有较低遗传力的繁殖性状的改良面临较大困难(Zhangetal，2019)。[0003]随着分子生物学及多组学测序技术的发展，分子标记辅助选择育种逐渐成为育种工作的主流手段。许多研究证明，分子标记辅助选择在低遗传力性状选择方面具有显著优势，极大提高了育种效率(Dingetal，2021)。国内外学者已经对与仔猪畸形性状和产畸形仔猪数相关的分子标记进行了大量研究，并挖掘了潜在的功能基因。Hao等人对杜洛克、长白猪、大白猪三个群体进行研究，通过GWAS筛选出7个与仔猪八字腿综合征(Pigletsplaylegsyndrome，PSL)显著相关的SNP，定位到4个候选基因(Haoetal，2017)。Траспов等人通过GWAS在大白猪群体中鉴定到24个与仔猪肛门闭锁、肢蹄问题和仔猪震颤等畸形性状显著相关的SNP，涉及到11个功能基因(Трасповetal，2020)。此外，杨杰等人鉴定到与母猪产畸形仔猪数显著相关的SNP，为猪分子标记辅助选择育种工作做出一定贡献(杨杰等，2021)。纵观国内外研究，对于鉴定与母猪产畸形仔猪相关分子标记的研究较少。[0004]本发明通过GMAT软件进行全基因组关联分析，筛选到4个与母猪产畸形仔猪性状显著关联的SNP位点，为猪分子标记辅助选择育种工作提供了理论基础及应用途径(Wangetal，2020)。发明内容[0005]本发明的