甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌的mecA变体菌株的检测.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号(10)申请公布号CNCN104169437104169437A(43)申请公布日2014.11.26(21)申请号201280070541.0(51)Int.Cl.(22)申请日2012.12.21C12Q1/68(2006.01)(30)优先权数据11306776.32011.12.23EP(85)PCT国际申请进入国家阶段日2014.08.22(86)PCT国际申请的申请数据PCT/EP2012/0768562012.12.21(87)PCT国际申请的公布数据WO2013/093106EN2013.06.27(71)申请人生物梅里埃公司地址法国玛西勒托勒(72)发明人弗郎索瓦·帕耶赛琳·尚邦凯西·圣-帕特里克(74)专利代理机构北京安信方达知识产权代理有限公司11262代理人王思琪郑霞权利要求书6页权利要求书6页说明书39页说明书39页序列表6页序列表6页附图1页附图1页(54)发明名称甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌的mecA变体菌株的检测(57)摘要本发明提供用于检测携带变体mecA基因的甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌(methicillin-resistantStaphylococcusaureus)的改进的检测。该检测对于消除由于患者样品中MRSA中这一变体的存在的某些假阴性结果尤其有用。CN104169437ACN1046937ACN104169437A权利要求书1/6页1.一种扩增样品中甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌(methicillin-resistantStaphylococcusaureus，MRSA)的方法，所述甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌在金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)染色体DNA中包含SCCmec盒的插入，其中所述SCCmec盒包含mecA变体元件，所述方法包括：利用包含以下的寡核苷酸组对所述样品进行扩增反应：a.第一寡核苷酸，所述第一寡核苷酸具有能够与金黄色葡萄球菌染色体DNA在末端接合区中的区域特异性地杂交的核酸序列，和b.第二寡核苷酸，所述第二寡核苷酸具有能够与mecA变体的区域特异性地杂交的核酸序列，和任选地，c.第三寡核苷酸，所述第三寡核苷酸能够在所述MRSA的在所述第一寡核苷酸的杂交区域和所述第二寡核苷酸的杂交区域之间的区域中特异性地杂交，其中所述第一寡核苷酸和所述第二寡核苷酸各自被定向使得，在扩增条件下，如果所述样品包含所述MRSA，则所述MRSA的在所述第一寡核苷酸的杂交区域和所述第二寡核苷酸的杂交区域之间的所述区域被扩增，且其中如果使用所述第三寡核苷酸，那么如果所述样品包含所述MRSA，则检测到所述第三寡核苷酸的杂交。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述金黄色葡萄球菌染色体DNA的末端接合区是右末端接合区。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述第三寡核苷酸与以下特异性地杂交：金黄色葡萄球菌染色体DNA的区域；金黄色葡萄球菌染色体DNA的orfX的区域；SCCmec盒DNA的右末端接合区的区域；或所述mecA变体的区域。4.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一寡核苷酸与金黄色葡萄球菌染色体DNA的orfX的区域特异性地杂交。5.根据权利要求1所述的方法，其中：-所述第一寡核苷酸包含选自以下组成的组的核酸序列：SEQIDNO:9和10；和/或-所述第二寡核苷酸包含选自以下组成的组的核酸序列：SEQIDNO:6、7、14、15、16、17、20和21和/或-如果使用所述第三寡核苷酸，则所述第三寡核苷酸包含如SEQIDNO:8、11、18和19所列的核酸序列。6.根据权利要求1至5的任一项所述的方法，所述方法还包括，通过在扩增反应中利用用于扩增SCCmec盒与金黄色葡萄球菌染色体DNA的右末端接合点的第二寡核苷酸组，扩增在金黄色葡萄球菌染色体DNA中包含SCCmec盒的插入的甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌(MRSA)，其中所述SCCmec盒包含mecA，所述第二寡核苷酸组包含：a.第一接合寡核苷酸，所述第一接合寡核苷酸具有能够在金黄色葡萄球菌染色体DNA在右末端接合区中的区域中特异性地杂交的核酸序列；b.第二接合寡核苷酸，所述第二接合寡核苷酸具有能够在所述包含mecA的MRSA的SCCmec盒的右末端接合区的区域中特异性地杂交的核酸序列，和任选地，c.第三接合寡核苷酸，所述第三接合寡核苷酸具有能够在所述MRSA的在所述第一接合寡核苷酸的杂交区域与所述第二接合寡核苷酸的杂交区域之间的区域中特异性地杂交的核酸序列，2CN104169437A权利要求书2/6页其中所述第一接合寡核苷酸和所述第二接合寡核苷酸各自被定向使得，在扩增条件下，如果所述样品包含所述包含mecA的MRSA，则所述右接合点被扩增，且其中如