一种梅花垂枝性状紧密连锁的SNP分子标记及其检测方法与应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN109554493A(43)申请公布日2019.04.02(21)申请号201811504968.2(22)申请日2018.12.10(71)申请人北京林业大学地址100083北京市海淀区清华东路35号(72)发明人张启翔卓孝康郑唐春程堂仁王佳孙丽丹(74)专利代理机构北京路浩知识产权代理有限公司11002代理人王文君陈征(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书8页序列表2页附图5页(54)发明名称一种梅花垂枝性状紧密连锁的SNP分子标记及其检测方法与应用(57)摘要本发明涉及一种梅花垂枝性状紧密连锁的SNP分子标记及其检测方法与应用。本发明提供一种梅花垂枝性状紧密连锁的SNP分子标记，其位于梅花第7号染色体第11182911bp处，多态性为A/C。本发明联合GWAS分析和群体选择方法开发了梅花垂枝性状紧密连锁的SNP分子标记，该SNP分子标记在梅花杂交后代分离群体的垂枝/直枝性状鉴定中重复性好、准确性高，实现了单分子标记鉴定垂枝/直枝性状的准确率达到96％以上。本发明提供的梅花垂枝性状紧密连锁的SNP分子标记及其检测方法可实现垂枝/直枝性状的幼苗期选择，极大缩短了育种周期，提高了育种效率，降低了育种成本，可以在实践中用于梅花分子辅助选择育种。CN109554493ACN109554493A权利要求书1/1页1.一种梅花垂枝性状紧密连锁的SNP分子标记，其特征在于，其位于梅花第7号染色体第11182911bp处，所述SNP分子标记的多态性为A/C。2.权利要求1所述的SNP分子标记的检测引物，其特征在于，所述检测引物包括：正向引物F：5’-ACGTTGGATGTGCTTGTCAAACACAGTCCG-3’；反向引物R：5’-ACGTTGGATGGGTGTGTTTCTTTCTAACGAG-3’。3.根据权利要求2所述的检测引物，其特征在于，所述检测引物还包括单碱基延伸引物：所述单碱基延伸引物的序列如下：5’-ACTAACCTCATTTCATAAGTTGA-3’。4.一种用于梅花垂枝性状检测的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2或权利要求3所述的检测引物。5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括dNTPs、DNA聚合酶、Mg2+、PCR反应缓冲液；优选地，所述试剂盒还包括标准阳性模板和SAP酶。6.权利要求1所述的SNP分子标记或权利要求2或3所述的检测引物或权利要求4或5所述的试剂盒在梅花垂枝或直枝性状鉴定中的应用。7.权利要求1所述的SNP分子标记或权利要求2或3所述的检测引物或权利要求4或5所述的试剂盒在梅花分子辅助育种中的应用。8.一种鉴定梅花株型性状的方法，其特征在于，以待测梅花的基因组为模板，采用正向引物F和反向引物R进行PCR扩增，分析PCR扩增产物的序列，判断待测梅花的基因型；所述正向引物F的序列为5’-ACGTTGGATGTGCTTGTCAAACACAGTCCG-3’；所述反向引物R的序列为5’-ACGTTGGATGGGTGTGTTTCTTTCTAACGAG-3’。9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述分析扩增产物的序列的方法包括如下步骤：(1)将所述PCR扩增产物用碱性磷酸酶处理；(2)以步骤(1)得到的碱性磷酸酶处理的产物为模板进行单碱基延伸反应，所述单碱基延伸反应的引物的序列为：5’-ACTAACCTCATTTCATAAGTTGA-3’；(3)分析延伸单碱基延伸反应的产物的基因型。10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述分析单碱基延伸反应的产物的基因型为采用SequenomSNP技术和质谱检测进行分析。2CN109554493A说明书1/8页一种梅花垂枝性状紧密连锁的SNP分子标记及其检测方法与应用技术领域[0001]本发明涉及分子生物学及植物分子育种技术领域，具体涉及一种梅花垂枝性状紧密连锁的SNP分子标记及其检测方法与应用。背景技术[0002]梅花(PrunusmumeSieb.etZucc.)隶属于蔷薇科(Rosaceae)李属(Prunus)，是中国的十大传统名花之一，具有观赏和使用价值，起源于中国西南部，距今已有3000多年的引种栽培历史(陈俊愉.中国梅花品种图志[M].中国林业出版社,2010)。梅花的种类多样，花色、花型、株型丰富，其中垂枝梅是具有独特株型的梅花的九大品种之一，因其别致的树姿兼具花色、花香等其它观赏性状而深受人们喜爱，在园林造景中具有重要的地位。[0003]利用高通量测序技术大量开发SNP标记，开发性状连锁的分子标记进行植株的初期筛选，达到分子标记辅助育种的目的，可大大缩短梅花的育种