梅花垂枝性状SNP分子标记及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN108715902A(43)申请公布日2018.10.30(21)申请号201810415993.7(22)申请日2018.05.03(71)申请人北京林业大学地址100083北京市海淀区清华东路35号(72)发明人张启翔李素珍卓孝康郑唐春李璐璐邱丽珂孙丽丹程堂仁王佳(74)专利代理机构北京路浩知识产权代理有限公司11002代理人王文君陈征(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书2页说明书8页序列表4页附图4页(54)发明名称梅花垂枝性状SNP分子标记及其应用(57)摘要本发明公开了梅花垂枝性状SNP分子标记及其应用，具体包括分子标记Marker301243和/或Marker311414，其核苷酸序列分别如SEQIDNO.1和SEQIDNO.2所示。本发明利用SLAF-seq技术开发获得2个梅花垂枝性状SNP分子标记Marker301243和Marker311414，并提供了其序列扩增引物和等位特异性PCR引物。所述分子标记Marker301243和/或Marker311414及其引物在鉴定梅花品种时，具有较高的准确性、稳定性且重复性好。将其用于分子辅助选择育种，可实现苗期提早选择，快速鉴定梅花垂枝性状，减少工作量，大大缩短梅花育种时间。CN108715902ACN108715902A权利要求书1/2页1.梅花垂枝性状SNP分子标记，其特征在于，包括分子标记Marker301243和/或Marker311414，它们的核苷酸序列分别如SEQIDNO.1和SEQIDNO.2所示。2.用于扩增权利要求1所述分子标记的特异性PCR引物，其特征在于，标记Marker301243引物序列为：正向引物：5′-TGAGAATGGACAATGAGCGT-3′，反向引物：5′-CTCTGCTGGACACCCCTAAT-3′；标记Marker311414引物序列为：正向引物：5′-CTTAGGGAATGGTGTCGCTT-3′，反向引物：5′-AGAGCAGGCACCCAAGTAAGT-3′。3.权利要求1所述分子标记在鉴定梅花垂枝性状中的应用，其特征在于，包括以下步骤：1)提取待测梅花的基因组DNA；2)以待测植株的基因组DNA为模板，利用权利要求1所述分子标记的引物，进行PCR扩增反应；3)对应于标记Marker301243的SNP位点，位于SEQIDNO.1所示序列的第426位碱基，该处碱基为T或A，梅花垂枝的优势等位基因型为TT，直枝的优势等位基因型为AT；对应于标记Marker311414的SNP位点，位于SEQIDNO.2所示序列的第607位碱基，该处碱基为G或A，梅花垂枝的优势等位基因型为GG，直枝的优势等位基因型为GA。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，步骤2)中的PCR扩增体系为20μL，包括：50ng/μL模板DNA2μL，2×PCRMasterMix10μL，10μmol/L正反向引物各1μL，ddH2O6μL。5.用于AS-PCR扩增权利要求1分子标记的AS-PCR引物，其特征在于，标记Marker301243引物序列为：正向引物：5′-TGGAAACTGAATAGATGCGAT-3′，反向公共引物：5′-GGTGAAAGAGACATCAGAAAAT-3′，正向特异性引物：5′-TGGAAACTGAATAGATGCGAA-3′；标记Marker311414引物序列为：正向公共引物：5′-CATCTAAAATAAAATCTCAAAGG-3′，反向引物：5′-TCATAGGTATTCTTGTCTTTCTC-3′，反向特异性引物：5′-TCATAGGTATTCTTGTCTTTCTT-3′。6.一种筛选或鉴定梅花垂枝性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：1)提取待测梅花的基因组DNA；2)以待测植株的基因组DNA为模板，利用权利要求1所述分子标记的AS-PCR引物，进行AS-PCR扩增；3)检测PCR扩增产物，根据AS-PCR扩增产物条带的有无，判断对应的SNP位点，其中，对应于标记Marker301243的SNP位点，梅花垂枝的优势等位基因型为TT，直枝的优势等位基因型为AT；对应于标记Marker311414的SNP位点，梅花垂枝的优势等位基因型为GG，直枝的优势等位基因型为GA。7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，步骤2)中AS-PCR扩增体系为10μL，包括：50ng/μL模板DNA1μL，2×PCRMasterMix5μL，10μmol/L正反向引物各0.5μL，ddH2O3μL。2CN108715902A权利要求书2/2页8.含有权利要求2和/或权利要求5所述引物