检测NTRK基因融合的引物探针组合物、试剂盒及使用方法.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN116004824A(43)申请公布日2023.04.25(21)申请号202211358355.9(22)申请日2022.11.01(71)申请人杭州瑞普基因科技有限公司地址311100浙江省杭州市余杭区五常街道联创街188号3号楼7楼申请人杭州瑞普医学检验实验室有限公司(72)发明人王涛任文静赵钟毓(74)专利代理机构北京卓孚律师事务所11821专利代理师谢梦欣宋明(51)Int.Cl.C12Q1/6886(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书3页说明书31页序列表（电子公布）附图4页(54)发明名称检测NTRK基因融合的引物探针组合物、试剂盒及使用方法(57)摘要本发明提供一种用于检测受试者样品中NTRK基因家族基因融合的引物探针组合物、引物探针组、试剂盒及方法，及所述引物探针组合物在检测所述基因融合中的应用。CN116004824ACN116004824A权利要求书1/3页1.一种检测NTRK基因融合的引物探针组合物，所述引物探针组合物包含以下至少一组引物探针组：用于检测NTRK1融合类型的引物探针组A、B、C、D；用于检测NTRK2融合类型的引物探针组E、F；用于检测NTRK3融合类型的引物探针组G、H，其中，所述引物探针组A检测涉及NTRK1第8外显子(NTRK1(Ex8))或第11外显子(NTRK1(Ex11))的基因融合；所述引物探针组B检测涉及NTRK1第8外显子(NTRK1(Ex9))、第10外显子(NTRK1(Ex10))或第13外显子(NTRK1(Ex13))的基因融合；所述引物探针组C检测涉及NTRK1第12外显子(NTRK1(Ex12))的基因融合；所述引物探针组D检测涉及NTRK1第14外显子(NTRK1(Ex14))或第16外显子(NTRK1(Ex16))的基因融合；所述引物探针组E检测涉及NTRK2第12外显子(NTRK2(Ex12))或第13外显子(NTRK2(Ex13))的基因融合；所述引物探针组F检测涉及NTRK2第15外显子(NTRK1(Ex15))、第16外显子(NTRK2(Ex16))或第17外显子(NTRK2(Ex17))的基因融合；所述引物探针组G检测涉及NTRK3第14外显子(NTRK3(Ex14))的基因融合；所述引物探针组H检测涉及NTRK3第12外显子(NTRK3(Ex12))、NTRK3第13外显子(NTRK3(Ex13))、NTRK3第15外显子(NTRK3(Ex15))或NTRK3第16外显子(NTRK3(Ex16))的基因融合，其中每个引物探针组包含：分别特异性结合每种基因融合中的伙伴基因外显子的正向引物，分别特异性结合每种基因融合中的NTRK外显子的反向引物，以及分别特异性结合每种基因融合中的NTRK外显子的探针。2.权利要求1所述的引物探针组合物，其中各个引物探针组检测的基因融合类型如下所示：所述引物探针组A检测NTRK1与如下基因外显子的基因融合：IRF2BP2(Ex1)、LMNA(Ex2)、LMNA(Ex3)、LMNA(Ex5)、LMNA(Ex10)、LMNA(Ex11del)、PPL(Ex21)、GRIPAP1(Ex22)、BCAN(Ex13)；所述引物探针组B检测NTRK1与如下基因的基因融合：TFG(Ex5)、TPR(Ex21)、TFG(Ex4)、TPM3(Ex10)、TPM3(Ex8)、SQSTM1(Ex5)、TPR(Ex10)、TPR(Ex16del)、TPR(Ex21)、CD74(Ex8)、IRF2BP2(Ex1)、IRF2BP2(Ex1del48)、PPL(Ex21)、GRIPAP1(Ex22)、CHTOP(Ex5)、ARHGEF2(Ex21)、NFASC(Ex21)、TFG(Ex5)、TFG(Ex6)、TPM3‑(Ex7del)、BCAN(Ex12)、PPL(Ex11)；所述引物探针组C检测NTRK1与如下基因的基因融合：TPM3(Ex8)、TRP(Ex6)、SSBP2(Ex12)、MPRIP(Ex18)、MPRIP(Ex14)、MPRIP(Ex21)、LMNA(Ex10)、LMNA(Ex8)、LMNA(Ex4)、LMNA(Ex2)、LMNA(Ex6del)、LMNA(Ex12)、GRIPAP1(Ex22)；所述引物探针组D检测NTRK1与如下基因的基因融合：MPRIP(Ex21)、LMNA(Ex2)；所述引物探针组E检测NTRK2与如下基因的基因融合：VCL(Ex16)、AFAP1(Ex13)、NCAA2(Ex4)；所述引物探针组F检测NTRK2与如下基因的基因融合：TRIM24(Ex12)、TRAF2(Ex9