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本发明公开了一种利用基因编辑获得番茄材料表型标记的方法,属于作物遗传育种领域。该方法包括sgRNA靶点设计,构建CRISPER/Cas9重组质粒,再将该重组质粒转入农杆菌,侵染番茄材料,经筛选验证获得缺失SlNAC2基因功能且无外源基因插入的番茄纯合突变体材料,所述番茄纯合突变体材料的种子胚轴出现颜色表型标记。本发明利用CRISPER?Cas9基因编辑系统在目标番茄材料中敲除SlNAC2基因,使目标材料的后代种子萌发时,下胚轴出现明显紫色区段,将该现象作为表型标记,可以在被标记材料种子萌发初期对其进行快速鉴别,为品种鉴定、纯度鉴定、遗传背景标记识别等奠定基础。