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本发明提出了一种活性益生菌饮品的制备方法,具体步骤如下:选取益生菌、益生元及稀有糖,益生菌依次经种子培养基以及发酵培养基培养所得发酵液即为活性益生菌饮品;所述益生菌包括鼠李糖乳杆菌、发酵乳杆菌、植物乳杆菌、嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌、嗜热链球菌、长双歧杆菌、短双歧杆菌和凝结芽孢杆菌中任意至少4种,每种所述益生菌接种量为5?6%。益生元和稀有糖作为培养基的部分成分。本发明多种益生元可满足体内多种益生菌的营养需求;缩短发酵时间,同时控制菌浓度,使益生元等营养物质不被过度消耗,益生菌长久保持活力;于发酵过程中不需多次补充葡萄糖,程序简单,有益芽孢杆菌芽孢化后会替抗恶劣环境,延长益生菌生存期。