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本发明公开了一种用于检测烟草缺硼胁迫的生物标志物组及其应用。所述生物标志物组由Nitab4.5_0000595g0010、Nitab4.5_0011519g0020、Nitab4.5_0016396g0010等3个基因组成,其在烟草应答硼胁迫的过程中特异上调表达。因此,上述3个基因可以作为诊断烟草缺硼胁迫的生物标志物组。本发明为建立基于生物标志的烟草缺硼快速诊断方法奠定了基础。