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本发明公开了用于烟草缺镁营养诊断的基因标志物集及其应用,属于生物技术领域。所述基因标志物集由Nitab4.5_0002838g0120、Nitab4.5_0014007g0010、Nitab4.5_0025073g0010组成,其在烟草应答缺镁胁迫中特异性显著上调表达。通过所述基因标志物集以及检测该基因标志物集的试剂,可以诊断烟草缺镁胁迫。因此,本发明为建立基于基因标志的烟草缺镁快速诊断方法奠定了基础,具有良好的推广价值。