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本发明提供了一种倍他米松磷酸酯二水合物及其制备方法和应用,涉及医药技术领域。倍他米松磷酸酯二水合物单晶属于正交晶系,空间群为P212121,晶胞参数:α=90°,β=90°,γ=90°,晶胞体积晶胞内分子数Z=4,单位晶格的独立区域内含有1个分子。本发明提供的全新的倍他米松磷酸酯二水合物,与倍他米松磷酸酯无水物相比,结晶度好,纯度高,解决了后续工序中产品提纯困难的问题,可作为倍他米松磷酸钠制剂的高质量原料,有利于倍他米松磷酸钠制剂质量的提升。