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本发明公开了一种丝状真菌的荧光融合蛋白原位表达的基因方法及其应用。属于分子生物学和生物技术领域;具体步骤:1、荧光蛋白载体构建;2、荧光融合蛋白原位表达质粒的构建;3、真菌转化构建重组菌株;并且叙述了本发明在真菌蛋白检测(荧光融合蛋白共聚焦成像和荧光融合蛋白定量分析)中的应用。本发明通过农杆菌介导的同源重组基因操作手段在真菌目的基因3’端原位连接一个荧光蛋白基因,使目的基因和荧光蛋白基因以融合蛋白(目的蛋白?荧光蛋白)的形式共表达;通过荧光观察分析目的蛋白亚细胞定位和量化其表达量;本发明中公开的真菌荧光融合蛋白原位表达基因技术,减少了随机插入的不确定性,提高了实验结果的精准性。