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本发明公开了一种三维成像声呐点云的水下地形匹配定位方法及系统,方法包括:S1、对在线采集的声呐点云帧进行采样,将点数达到N,并将预存的大范围声呐点云地图切割成具有N点的点云X;S2、将L个随机生成的变换矩阵{T1,…,TL},TL∈SE(3)作用于点云X=[X0,…,XN]∈R3×N,得到L对数据以训练关键点提取网络;S3、选择每个关键点的多个邻域点,并对邻域点进行特征提取,分别对预存的声呐点云地形图和在线采集的声呐点云地形图,以每个关键点的邻域范围提取特征;S4、根据关键点计算实时点云帧与地图之间的匹配代价;S5、根据匹配代价实时计算声呐点云帧与地图在预测下的位置偏移量;S6、根据预测的位置偏移量和地面真实数值之间距离的平方来定义损失。本发明可以提升匹配效果、减小误差和精确定位。