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本发明公开了药用氢化棕榈油甘油酯的制备方法,步骤为:将硬脂酸、棕榈酸和甘油熔化,加入催化剂,抽真空,升温反应;降温,加入药用活性白土,搅拌;将物料转入压力容器中;打开压力容器出料口,过滤,得到的滤液为氢化棕榈油甘油酯粗品,通入三级分子蒸馏设备物料存储罐中;将三级分子蒸馏设备的工艺参数温度设定为160℃~250℃,压力≤30Pa的条件下,将氢化棕榈油甘油酯粗品通过真空上料机压入三级分子蒸馏设备腔体内,控制进料流量,收集重组分氢化棕榈油甘油酯纯品通过管道输送至转鼓式冷凝结晶结片机,冷凝切片得到药用氢化棕榈油甘油酯。本发明操作简单,原料易得,生产收率高,环境友好无污染,产品纯度高,满足药用需求。