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本发明提供了一种机械臂姿态误差补偿方法、装置、设备及存储介质,该方法包括:进行机械臂末端工具标定、机械臂与导航相机相对位置标定;通过探针采集末端工具特征点在机械臂法兰坐标系下的位姿;计算标定引入的误差值,并将所述误差值转移到法兰坐标系,补偿到末端工具在机械臂坐标系下的标定结果中。本发明所述方法通过使用探针采集末端工具上的特征路径,对末端工具在机械臂系统中的标定结果进行补偿,从而得到更为精准的标定结果,使得手术结果最大程度的符合规划方案。同时本发明提供的方法无需借助其他第三方工具,节约成本,且便捷快速,无需花费大量的时间,可在术中实时进行,实时反馈。