靶DNA富集探针的制备方法.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN106520978A(43)申请公布日2017.03.22(21)申请号201611078405.2(22)申请日2016.11.29(71)申请人北京迈博恒业科技有限责任公司地址101300北京市顺义区南彩镇彩达三街1号茂华工场7号厂房4层402(72)发明人伍建林朋(74)专利代理机构北京纪凯知识产权代理有限公司11245代理人关畅任凤华(51)Int.Cl.C12Q1/68(2006.01)权利要求书1页说明书8页序列表8页附图1页(54)发明名称靶DNA富集探针的制备方法(57)摘要本发明公开了靶DNA富集探针的制备方法。本发明所公开的靶DNA富集探针的制备方法包括：包括：制备N个亚探针，连接N个亚探针，得到长链DNA和/或环状DNA；将所述长链DNA和/或所述环状DNA进行扩增，得到靶DNA富集探针；N个亚探针满足所述N个亚探针能覆盖所述靶DNA的全部序列；在靶DNA上任何两个相邻的亚探针均满足上游亚探针的下游有一个或多个核苷酸与下游亚探针的上游重叠；N个亚探针的长度均为50-150bp。实验证明，利用本发明的方法制备的靶DNA富集探针对靶DNA的捕获达到了100％覆盖，其捕获效率均达到100％，探针的整体均一性非常好，并且稳定性好，可用于靶DNA的捕获。CN106520978ACN106520978A权利要求书1/1页1.靶DNA富集探针的制备方法，包括：制备N个亚探针，连接所述N个亚探针，得到靶DNA富集探针；N为大于等于2的一个自然数；所述N个亚探针满足所述N个亚探针能覆盖所述靶DNA的全部序列。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：在所述靶DNA上任何两个相邻的亚探针均满足上游亚探针的下游有一个或多个核苷酸与下游亚探针的上游重叠。3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于：所述N个亚探针的长度均为50-150bp。4.根据权利要求1-3中任一所述的方法，其特征在于：所述N个亚探针的长度均为108bp。5.根据权利要求1-4中任一所述的方法，其特征在于：所述连接所述N个亚探针包括下述A1)和A2)：A1)连接所述N个亚探针，得到长链DNA和/或环状DNA；A2)将所述长链DNA和/或所述环状DNA进行扩增，得到靶DNA富集探针。6.根据权利要求1-5中任一所述的方法，其特征在于：所述方法在连接所述N个亚探针前还包括对所述N个亚探针进行磷酸化修饰。7.根据权利要求5或6所述的方法，其特征在于：步骤A2)中，在进行将所述长链DNA或所述环状DNA进行扩增时还包括利用生物素对扩增产物进行标记。8.捕获靶DNA的方法，包括利用权利要求1-7中任一所述方法制备的靶DNA富集探针捕获靶DNA。9.靶DNA测序的方法，包括利用权利要求8所述的方法捕获靶DNA，然后对捕获的靶DNA进行测序。10.下述X1-X5中的任一应用：X1、权利要求1-7中任一所述方法在捕获靶DNA中的应用；X2、权利要求1-7中任一所述方法在制备捕获靶DNA产品中的应用；X3、权利要求1-7中任一所述方法在靶DNA测序中的应用；X4、权利要求1-7中任一所述方法在制备靶DNA测序产品中的应用；X5、权利要求8所述方法在靶DNA测序中的应用。2CN106520978A说明书1/8页靶DNA富集探针的制备方法技术领域[0001]本发明涉及生物技术领域中，靶DNA富集探针的制备方法。背景技术[0002]随着越来越多生物基因组测序的完成,生物医学研究已进入后基因组时代。随着二代测序的成本不断的降低，早在2014年，美国illumina公司已经推出全新高通量测序仪器，可以将测序成本降低到1000美元，基因检测的普及和随之加速，利用高通量测序技术在科学研究和临床检测上。[0003]目前，对于全基因组测序虽然成本已经到达1000美元，但在对于需要超高深度测序的临床或科技研究领域，特别是肿瘤检测中，高深度测序面临的测序成本以及高通量数据的处理带来的成本，不能广泛的用于临床检测及相关研究中，所以就产生了基因捕获技术，所谓基因捕获，就是针对所需要关注或研究的目的区域设计相应的捕获探针，利用杂交技术，将目的片段从全基因组中富集出来，将这些片段再进行高通量测序，既能满足研究需要深度要求，同时也能实现不增加成本，目前基因捕获技术已经在克隆、发现新基因及揭示基因功能方面具有独特的优点,已成为功能基因组时代研究的有力工具,在生物医学研究各个领域的应用日趋广泛。目前基因捕获中用到的探针为cDNA单链探针和RNA探针。发明内容[0004]本发明所要解决的技术问题是如何制备可以捕获靶DNA的探针。[0005]为解决上述技术问题，本发明首先提供了靶DNA富集探针的制备方法。[0006]本发明所提供的靶DNA