用于治疗和诊断化学疗法抗性癌症的组合物和方法.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN107109491A(43)申请公布日2017.08.29(21)申请号201580070095.7(74)专利代理机构北京坤瑞律师事务所11494(22)申请日2015.12.22代理人岑晓东(30)优先权数据(51)Int.Cl.62/096,3552014.12.23USC12Q1/68(2006.01)62/200,3402015.08.03USA61K39/395(2006.01)A61P35/00(2006.01)(85)PCT国际申请进入国家阶段日2017.06.21(86)PCT国际申请的申请数据PCT/US2015/0674272015.12.22(87)PCT国际申请的公布数据WO2016/106340EN2016.06.30(71)申请人豪夫迈·罗氏有限公司地址瑞士巴塞尔(72)发明人Y·王权利要求书4页说明书50页序列表3页附图9页(54)发明名称用于治疗和诊断化学疗法抗性癌症的组合物和方法(57)摘要本发明提供了使用一种或多种基质标签基因的表达水平作为选择标准以确定可受益于特定的抗癌疗法，诸如基质靶向疗法、抗血管生成疗法、和/或免疫疗法的具有化学疗法抗性癌症的患者的方法。本发明还提供了使用一种或多种基质标签基因的表达水平作为选择标准以用基质靶向剂治疗癌症患者，诸如卵巢癌患者的方法。CN107109491ACN107109491A权利要求书1/4页1.一种鉴定具有化学疗法抗性癌症的患者的方法，所述方法包括：a)测定自所述患者获得的样品中一种或多种基质标签基因的表达水平，b)将所述一种或多种基质标签基因的表达水平与所述癌症类型中的所述一种或多种基质标签基因的中值表达水平比较，并且c)确定所述患者的癌症是否是化学疗法抗性的，其中在所述患者样品中所述一种或多种基质标签基因以比所述癌症类型中所述一种或多种基质标签基因的中值表达水平多的水平表达指示所述患者具有化学疗法抗性癌症。2.权利要求1的方法，其中若已经确定所述患者的癌症以比所述癌症类型中所述一种或多种基质标签基因表达的第75百分位数多的水平表达所述一种或多种基质标签基因，则所述患者具有化学疗法抗性癌症。3.权利要求1或2的方法，其中所述一种或多种基质标签基因选自下组：POSTN、LOX、TIMP3、FAP、BGN、FGF1、FN1、ANGPTL2、ACTA2、MMP11、RBP4、CD36、PLVAP、PECAM1、GZMK、CD247、ABCC9、PCOLCE、CD1C、MS4A1、CD44、PMEPA1、IL7R、FBLN1、TWIST1、ID1、RAC2、GFRA1、CCR7、MAN1A1、EVI2A、PTPRCCD45RA、FCRL5、NNMT、CD27、SLA、TDO2、NUAK1、和COL4A1。4.权利要求3的方法，其中所述基质标签基因是POSTN。5.权利要求3的方法，其中所述一种或多种基质标签基因是POSTN和FAP；POSTN和TIMP3；POSTN和LOX；POSTN、FAP、和TIMP3；POSTN、FAP、和LOX；POSTN、TIMP3、和LOX；或POSTN、FAP、TIMP3、和LOX。6.权利要求1-5中任一项的方法，其中所述样品是肿瘤组织样品、血液样品、或血清样品。7.权利要求1-6中任一项的方法，其中所述化学疗法抗性癌症是铂抗性癌症。8.权利要求1-7中任一项的方法，其中在施用化学治疗剂前实施所述方法以提供施用前诊断。9.权利要求1-7中任一项的方法，其中所述患者尚未经历化学疗法或其中所述患者目前正在经历化学疗法。10.权利要求1-9中任一项的方法，其进一步包括在确定所述患者具有化学疗法抗性癌症时将所述患者鉴定为很可能受益于VEGF拮抗剂的施用的步骤。11.权利要求1-10中任一项的方法，其进一步包括若确定所述患者具有化学疗法抗性癌症，则对所述患者以治疗有效量施用VEGF拮抗剂。12.权利要求11的方法，其中所述VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体。13.权利要求12的方法，其中所述抗VEGF抗体是贝伐单抗。14.权利要求1-13中任一项的方法，其进一步包括在确定所述患者具有化学疗法抗性癌症时将所述患者鉴定为很可能受益于基质靶向疗法的步骤。15.权利要求1-14中任一项的方法，其进一步包括若确定所述患者具有化学疗法抗性癌症，则对所述患者以治疗有效量施用基质靶向剂。16.权利要求15的方法，其中所述基质靶向剂是抗骨膜蛋白(POSTN)抗体。17.权利要求1-16中任一项的方法，其进一步包括在确定所述患者具有化学疗法抗性癌症时将所述患者鉴定为很可能受益于免疫疗法的步骤。18.权利要求1-17中任一项的方法，其进一步包括若确定所述患者具有化学疗法抗性2C